整體並購時，資產收購的優點
1、可以避開目標公司股東間的爭端，直接與目標公司簽約
如果目標公司股東結構復雜，特別是整體收購時，必須要取得全體股東書面壹致同意。因此，收購股權的談判難度大，進度慢。由於任何股東對其他股東對外轉讓的股權均享有優先購買權。當股權收購遇到少數股東阻撓時，則收購風險增大。資產收購則可有效避開上述限制。
2、可以避免承擔被購方的“或有負債”，降低並購風險
或有負債的風險主要來自於：對外擔保、稅務征收與處罰、侵權行為、違規行為處罰等。如果目標公司有存續年限較長、歷史沿革復雜、經營管理者變更頻繁，長期虧損等情況，則或有負債產生的存在可能性會增大。而在會計師事務所所作的評估報告、審計報告中壹般也不會反映，除非是目標公司明確告知。資產收購中，上述或有負債則可有效避免。
3、調整資產帳務數值，減少企業所得稅或再次轉讓交易成本
目標公司擁有的固定資產(主要是房地產)價值在會計帳薄上以折舊後的歷史成本入帳(即入帳價值較小)。資產收購後收購價即為資產的帳面價值，可提折舊的基數相應調高，取得較高的折舊費用，相應減少應納稅所得額。而股權收購不會影響資產的帳面價值，資產價值保留為原始帳面價值，如以後再次出售，出售取得的收入與帳面成本相差大，所需繳納轉讓稅費增大。而這壹部分在帳面低做的資產價值所產生的稅費本應是現出讓股東承擔的，最後卻以股權收購方式轉價給了收購方。
4、資產收購所需調查的信息相對較少，承擔的風險也相對較小
資產收購只需要考慮資產實際價值、權屬、他項權、過戶稅費、未來增值空間等。而股權收購則要對企業作相對全面的調查，如：企業歷史沿革、人事關系、股權結構、股東意願、債務、或有債務、稅務、資產狀況，稍有遺漏都有可能使實際收購成本增加。
5、無需承擔原企業員工處置的成本和風險
老企業的員工大都工齡很長，以股權轉讓方式收購公司後，未經員工本人同意公司是不能辭退的，否則須支付雙倍補償。資產收購方式則無需承擔原企業員工的處置成本和風險。
資產收購相較於股權收購所存在的弊端
1、稅務成本相對較高
不能享受目標公司因虧損而帶來的所得稅的減免。交易時的稅收成本也相對較大，房地產過戶時的土地增值稅、契稅、營業稅、企業所得稅等過戶稅費、設備轉讓時的營業稅，目標公司清算後所得稅，股東清算所得的所得稅等。而股權轉讓方式，交易發生在目標公司的股東之間，收購股權系受讓方對外投資，既不會對受讓方產生稅費，對目標公司的稅務也不會產生影響。
2、資產收購改變管理者影響經營
而資產收購後需要逐步建立與員工的關系，生產經營可能會受到短期影響。目標公司長期經營而建立的品牌知名度在讓渡到新企業時不能確保100%被認可或順利對接。
3、特許經營項目存在不確定性
對於那些行業準入門檻較高的項目，如：環保審批嚴格的項目(排汙指標、區域限制)、國家限制發展的項目(行業飽和、經濟指標限制、布局限制)，生產許可證是否能夠順利取得、審批所需化費的時間、精力乃至於財務成本都是受讓方必須要綜合考慮的。除此之外，資產收購的同時須辦理商標、生產技術等的權屬轉移，辦理手續相對復雜壹些。
資產收購與股權收購靈活運用
資產收購和股權收購並不是對立的，有時在壹個並購案中可以結合采用，靈活運用。通過二者的結合以取得優質資產、排除潛在債務、避免重大糾紛，最終甩掉包袱，輕裝上陣。公司並購實踐中，大型公司為確保收購的成功，對收購方式的選擇往往慎之又慎，有時不惜化費大量的時間、精力和費用。但也有些涉足並購不深的投資者，僅憑自己對目標公司的感覺，有時甚至僅僅考慮到股權收購在當下可以交繳稅，就做出最終的決定，結果可能事與願違、得不償失。
投資者必須對目標公司進行必要的調查，最好是委托律師、會計師、資產評估公司、財務咨詢公司、環境評估機構等專業機構進行盡職調查，對於目標公司存在的各種風險以及風險的程度就會比較清楚，也就可以采取排除風險或者降低風險的措施，從收購成本、法律風險、後續經營等各方面綜合衡量股權收購和資產收購的利弊，從而選擇更有利的收購方式。