1、綜合年度自行申報是指納稅人在次年根據自己的綜合所得情況，按照規定自行向稅務機關申報並繳納個人所得稅；
2、扣繳義務人申報則是由納稅人的任職單位或支付所得的單位，在發放收入時代為扣除並代為申報個人所得稅；
3、對於有任職單位的納稅人，通常采用扣繳義務人申報，單位每月進行申報；
4、而對於個體戶等沒有固定扣繳義務人的納稅人，則需要選擇綜合年度自行申報。
綜合年度自行申報與扣繳義務人申報的區別：
1. 主體不同：綜合年度自行申報是由納稅人根據自身收入情況向稅務機關申報；扣繳義務人申報則是由納稅人的雇主或支付收入的單位作為扣繳義務人代為申報。
2. 申報內容不同：綜合年度自行申報通常包括納稅人壹年內的各項應稅收入，需自行計算應納稅額；而扣繳義務人申報僅涉及其支付的特定收入，並代為計算並扣繳稅款。
3. 申報時間不同：綜合年度自行申報壹般在每年的規定時間內進行，通常是年度結束後的壹定期限內；扣繳義務人申報則是在支付收入時或每月、每季度定期進行。
4. 申報方式不同：綜合年度自行申報可能需要納稅人匯總全年收入並自行填報，可能通過電子稅務局等平臺進行；扣繳義務人申報則由扣繳義務人按規定格式和程序直接向稅務機關報送。
5. 後續處理不同：綜合年度自行申報後，納稅人可能需要根據申報結果繳納稅款或者申請退稅；扣繳義務人申報則由扣繳義務人直接代扣代繳稅款，納稅人無需進行額外處理。
綜上所述，綜合年度自行申報和扣繳義務人申報的區別在於前者由納稅人自行申報個人所得稅，而後者由納稅人的任職單位或支付所得的單位代為申報。對於有任職單位的納稅人，通常采用扣繳義務人申報，而對於個體戶等沒有固定扣繳義務人的納稅人，則需要選擇綜合年度自行申報。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第十壹條
居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。