1、計算全年收入總額；2、減除費用六萬元；3、扣除基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等專項扣除；4、扣除子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等專項附加扣除；5、根據扣除後的余額計算應納稅所得額；6、按照適用稅率計算應納稅額；7、扣除已預繳稅款；8、確定應補（退）稅額。
綜合所得稅的計算方式：
1、確定納稅人的綜合所得總額：將工資薪金、勞務報酬、稿酬、特許權使用費等各項所得合並計算；
2、扣除各項免稅收入、減除費用和專項扣除：包括基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費，以及住房公積金等；
3、計算應納稅所得額：綜合所得總額減去各項扣除後的余額即為應納稅所得額；
4、適用稅率計算應納稅額：根據適用的稅率表計算應納稅額；
5、扣除已預繳稅額：將已經通過工資薪金等途徑預繳的稅額從應納稅額中扣除，得出應補（退）稅額。
綜上所述，綜合所得稅年度匯算是壹個系統的過程，包括計算全年收入總額、減除六萬元標準費用、扣除社會保險費和住房公積金、專項附加扣除、計算應納稅所得額、應納稅額，以及扣除已預繳稅款後確定最終的應補或應退稅額，確保納稅人合法權益的同時，促進稅收政策的公平執行。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第九條
個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。
第十三條
納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，並繳納稅款。納稅人取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年六月三十日前，繳納稅款；稅務機關通知限期繳納的，納稅人應當按照期限繳納稅款。居民個人從中國境外取得所得的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內申報納稅。非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得的，應當在取得所得的次月十五日內申報納稅。納稅人因移居境外註銷中國戶籍的，應當在註銷中國戶籍前辦理稅款清算。
第十四條
扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核後，按照國庫管理的有關規定辦理退稅。
第六條
應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
第十條
有下列情形之壹的，納稅人應當依法辦理納稅申報：（壹）取得綜合所得需要辦理匯算清繳；（二）取得應稅所得沒有扣繳義務人；（三）取得應稅所得，扣繳義務人未扣繳稅款；（四）取得境外所得；（五）因移居境外註銷中國戶籍；（六）非居民個人在中國境內從兩處以上取得工資、薪金所得；（七）國務院規定的其他情形。扣繳義務人應當按照國家規定辦理全員全額扣繳申報，並向納稅人提供其個人所得和已扣繳稅款等信息。