性質和根源不同不征稅收入是指不屬於企業營利性活動帶來的經濟利益、不負有納稅義務並不作為應納稅所得額組成部分的收入。不征稅收入包括財政撥款，依法收取並納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金等；免稅收入是指屬於企業的應稅所得但按照稅法規定免予征收企業所得稅的收入。免稅收入包括國債利息收入，符合條件的居民企業之間的股息、紅利收入，在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利收入，符合條件的非營利公益組織的收入等。
具體有：1、範圍不同
不征稅收入：（1）財政撥款；（2）依法收取並納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金；（3）企業取得的由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途並經國務院批準的財政性資金。
免稅收入：（1）國債利息收入免稅。（2）股息、紅利等權益性投資收益，按照稅法規定的條件免稅。
是否有經濟效益對於國家公益行業的經濟來源，壹般都會視作免稅收入，不進行征稅。如果是企業或者個體工商戶進行經營的，並且以營利為主要目的的，則需要征收稅費。不征稅收入不產生經濟效益。
進項稅額抵扣規則不同不征稅收入：增值稅的相關文件中並沒有對不征稅收入對應的進項稅額做出不得抵扣的規定。不征稅收入對應的進項稅額不需要進項稅額轉出。免稅收入：免稅項目對應的進項稅額不得抵扣，已經抵扣的需要進行進項稅額轉出。
發票開具不同不征稅收入：目前《商品和服務稅收分類與編碼》中支持16類不征稅收入（如預付卡銷售和充值、建築服務預收款等）開具不征稅發票，其他不征稅收入只需要開具收據即可。免稅收入：納稅人按照規定享受免稅優惠時，如果開具的是註明稅率或征收率欄次的普通發票，應當在稅率或者征收率欄次填寫“免稅”字樣。
申報填寫不同不征稅收入：不征稅收入不屬於增值稅應稅範圍，不需要體現在增值稅納稅申報表中。免稅收入：免稅收入需要填寫增值稅納稅申報表，反映到報表中免稅對應的欄次。
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法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅法》第七條
收入總額中的下列收入為不征稅收入：（壹）財政撥款；（二）依法收取並納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金；（三）國務院規定的其他不征稅收入。
第二十六條
企業的下列收入為免稅收入：（壹）國債利息收入；（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；（三）在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益；（四）符合條件的非營利組織的收入。
第五十四條 企業所得稅分月或者分季預繳。企業應當自月份或者季度終了之日起十五日內，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表，預繳稅款。企業應當自年度終了之日起五個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，並匯算清繳，結清應繳應退稅款。企業在報送企業所得稅納稅申報表時，應當按照規定附送財務會計報告和其他有關資料。
《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》
第壹百二十八條 企業在納稅年度內無論盈利或者虧損，都應當依照企業所得稅法第五十四條規定的期限，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表、年度企業所得稅納稅申報表、財務會計報告和稅務機關規定應當報送的其他有關資料。
《中華人民***和國增值稅法》
第二十二條 下列進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：（壹）用於簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、服務、無形資產、不動產和金融商品對應的進項稅額，其中涉及的固定資產、無形資產和不動產，僅指專用於上述項目的固定資產、無形資產和不動產；（二）非正常損失項目對應的進項稅額；（三）購進並直接用於消費的餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務對應的進項稅額；（四）購進貸款服務對應的進項稅額；（五）國務院規定的其他進項稅額。
《國家稅務總局關於營改增試點若幹征管問題的公告》
（十壹）增加6“未發生銷售行為的不征稅項目”，用於納稅人收取款項但未發生銷售貨物、應稅勞務、服務、無形資產或不動產的情形。“未發生銷售行為的不征稅項目”下設601“預付卡銷售和充值”、602“銷售自行開發的房地產項目預收款”、603“已申報繳納營業稅未開票補開票”。使用“未發生銷售行為的不征稅項目”編碼，發票稅率欄應填寫“不征稅”，不得開具增值稅專用發票。