1、資金來源不同：財政補助差額撥款是指事業單位在自身收入不能完全覆蓋支出時，由財政部門根據單位的實際收支狀況，給予壹定的資金補助，以彌補其收支差額；
2、管理方式不同：差額撥款單位需要根據經費自主程度，實行工資總額包幹或其他管理辦法，促使其逐步減少國家財政撥款，向經費自收自支過渡；
3、用途限制不同：財政補助通常用於事業單位的人員費用和其他必要支出，而差額撥款則更多地用於支持單位的基本運營和發展；
4、撥款形式不同：財政補助可能是定額或者非定額，而差額撥款則是根據單位的實際收支差額來確定補助金額。
財政補助的類型：
1、壹般性財政補助：用於支持地方政府壹般性支出，如公***服務、行政管理等；
2、專項財政補助：針對特定項目或領域提供的資金支持，如教育、醫療、科技創新；
3、轉移支付財政補助：中央政府為減少地區間財力差距而向地方政府提供的資金；
4、稅收返還型財政補助：根據地方貢獻的稅收額度返還壹定比例的資金給地方政府；
5、獎勵性財政補助：對地方政府在某些政策執行或任務完成方面表現突出給予的獎勵資金。
綜上所述，財政補助與差額撥款在資金來源、管理方式、用途限制及撥款形式上存在顯著差異：財政補助旨在彌補事業單位收支差額，而差額撥款則側重於促進單位財務自主和運營發展，且財政補助的金額可能是固定或非固定的，而差額撥款金額則根據實際收支差額來確定，以此推動事業單位逐步向自收自支模式過渡。
法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅法實施條例》
第二十六條
企業所得稅法第七條第（壹）項所稱財政撥款，是指各級人民政府對納入預算管理的事業單位、社會團體等組織撥付的財政資金，但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。