財政部是國務院的壹個部門，國家稅務總局是國務院直屬機構，兩者都歸屬於國務院管轄。
二、職能有區別又有聯系
財政部主要制定並執行國家財政政策，財政政策包括政府支出和稅收收入等多個方面。稅務部門只管理稅收方面的具體問題。
三、稅收管轄範圍的區別
財政部對稅收問題的管轄是宏觀上的管轄，主要：
（1）從宏觀上擬定和執行稅收的發展戰略、方針政策、中長期規劃、改革方案及其他有關政策；
（2）提出稅收立法計劃，與國家稅務總局***同審議上報稅法和稅收條例草案；根據國家預算安排，確定財政稅收收入計劃；
（3）提出稅種增減、稅目稅率調整、減免稅和對中央財政影響較大的臨時特案減免稅的建議；
（4）參加涉外稅收和國家關稅談判，簽訂涉外稅收協議、協定草案；制定國際稅收協議和協定範本；承辦國務院關稅稅則委員會的日常工作。
稅務部門具體執行稅務工作，具體包括：
（1）擬定稅收法律法規草案，制定實施細則；提出國家稅收政策建議並與財政部***同審議上報、制定貫徹落實的措施。
（2）組織實施稅收征收管理體制改革；制定征收管理制度；監督檢查稅收法律法規、方針政策的貫徹執行。
（3）組織實施中央稅、***享稅、農業稅及國家指定的基金(費)的征收管理；編報稅收長遠規劃和年度稅收收入計劃；對稅收法律法規執行過程中的征管和壹般性稅政問題進行解釋；組織辦理工商稅收減免及農業稅特大災歉減免等具體事項。
（4）辦理進出口商品的稅收及出口退稅業務。
（5）組織稅收宣傳和理論研究；組織實施註冊稅務師的管理；規範稅務代理行為。