(壹)現行《審計法》及其實施條例對預算執行審計監督的範圍、內容和手段，有的不夠明確，有的比較滯後。預算執行審計不是壹般的財政收支審計，主要涉及地方政府和各級財稅部門執行國家統壹財稅政策的情況，執行國家統壹財稅政策影響預算執行和決算。雖然在審計實踐中，已經將稅務機關的稅收征管和海關對進出口貨物的監管作為審計的範圍和內容，但從法律規範的完整性和依法審計的角度，地方政府和各級財稅部門執行國家財稅政策的情況， 以及直接影響預算執行和決算的企事業單位，也應在審計法及其實施條例中明確納入預算執行審計範圍。 此外，由於審計延伸調查手段有限，不利於問題的徹底調查。審計法及其實施條例對有關單位和個人在預算執行審計中不支持、不配合審計機關工作的如何處理作出了明確規定。
(二)審計技術和方法的缺乏影響了審計事業的發展。目前，預算執行審計的計算機應用水平遠遠落後於被審計單位，預算執行審計項目的經驗交流和業務培訓不夠，不利於專項辦公室的長遠發展和提高。
(3)審計移送案件的管理和查處有待加強。近期，我們對國務院領導同誌批示並移送司法部門的案件線索查處情況進行了跟蹤調查。調查結果表明，審計移送的案件線索已引起有關方面註意，國務院領導同誌批示的案件線索大部分得到較好查處，但審計移送案件查處的總體情況仍不盡如人意，相關部門的溝通協調工作有待進壹步加強。主要原因是審計移送溝通渠道不暢，移送案件管理制度不健全，審計機關缺乏必要的跟蹤監督手段，審計機關與司法機關的合作有待進壹步完善。
(D)執行審計決定很困難，特別是執行與糾正地方政府自定政策有關的審計決定。與納稅和通過決算解決中央收入有關的審計決定基本可以落實到位，但與地方政府政策有關的審計決定執行起來比較困難。壹些地方政府沒有嚴格執行國家統壹稅法，擅自擴大優惠政策範圍，往往導致審計部門“年檢”的問題，說明審計決定的執行力度確實不夠。