漢初置江原縣。晉置漢原郡，後改晉原郡。唐置蜀州。南宋紹興十年（1140年）升為崇慶軍節度。淳熙四年（1177年）以高宗潛藩於此乃升為崇慶府，以示崇慶之意。元置祟慶州，1913年廢州改崇慶縣。1994年撤縣設市。
1996年，崇州市面積1090平方千米，轄15鎮13鄉：崇陽鎮、懷遠鎮、元通鎮、三江鎮、江源鎮、羊馬鎮、廖家鎮、觀勝鎮、街子鎮、三郎鎮、萬家鎮、王場鎮、白頭鎮、道明鎮、隆興鎮、聽江鄉、安阜鄉、大劃鄉、梓潼鄉、錦江鄉、公議鄉、上元鄉、茍家鄉、東關鄉、濟協鄉、崇德鄉、榿泉鄉、集賢鄉。
1998年析置何家鄉、西山鄉、崇平鄉、燎原鄉。調整後，崇州市轄15個鎮、17個鄉：崇陽鎮、懷遠鎮、元通鎮、隆興鎮、羊馬鎮、三江鎮、道明鎮、王場鎮、三郎鎮、江源鎮、白頭鎮、廖家鎮、街子鎮、萬家鎮、觀勝鎮；聽江鄉、安阜鄉、大劃鄉、梓潼鄉、錦江鄉、上元鄉、公議鄉、濟協鄉、東觀鄉、崇德鄉、榿泉鄉、集賢鄉、茍家鄉、何家鄉、西山鄉、崇平鄉、燎原鄉。年析置金雞鄉、西江鄉。調整後，崇州市轄15個鎮、19個鄉。
2002年撤銷聽江鄉、梓潼鄉，設立聽江鎮、梓潼鎮。調整後，崇州市轄崇陽、道明、隆興、王場、白頭、三江、江源、羊馬、元通、觀勝、廖家、懷遠、三郎、街子、萬家、聽江、梓潼17個鎮，榿泉、集賢、崇德、濟協、大劃、東關、安阜、錦江、上元、公議、西山、何家、茍家、崇平、燎原、金雞、西江17個鄉。撤銷崇平鄉，設立崇平鎮。
2004年9月8日，省政府（川府民政[2004]34號）批復同意撤銷聽江鎮及西江、金雞、西山、何家、安阜、上元、崇德、東關8個鄉。將原聽江鎮所屬行政區域並入三江鎮；三江鎮政府駐崇新場。將原西江鄉、金雞鄉所屬行政區域並入崇陽鎮；崇陽鎮政府駐唐安東路。將原西山鄉、何家鄉所屬行政區域並入懷遠鎮；懷遠鎮政府駐洄瀾街。將原安阜鄉所屬行政區域並入羊馬鎮；羊馬鎮政府駐觀新界。將原上元鄉所屬行政區域並入街子鎮；街子鎮政府駐江城街。將原崇德鄉所屬行政區域並入燎原鄉；燎原鄉政府駐順興街。將原東關鄉所屬行政區域並入王場鎮；王場鎮政府駐義興街。
2004年，崇州市轄崇陽、懷遠、元通、三江、三郎、廖家、街子、萬家、觀勝、羊馬、道明、王場、隆興、江源、白頭、大劃、梓潼、崇平、榿泉19個鎮，茍家、濟協、集賢、錦江、公議、燎原6個鄉，***有31個社區、371個行政村；總面積1090平方千米，人口密度597人/平方千米。
2006年7月12日，省政府批復同意：萬家鎮更名為文井江鎮（川府民政[2006]34號），茍家鄉更名為雞冠山鄉（川府民政[2006]36號）。2009年5月25日，省政府（川府民政[2009]10號）批復同意文井江鎮政府駐地從萬家社區遷移至大同村。
2009年，崇州市轄19個鎮、6個鄉：崇陽鎮、三江鎮、江源鎮、羊馬鎮、廖家鎮、元通鎮、觀勝鎮、懷遠鎮、三郎鎮、街子鎮、萬家鎮、王場鎮、白頭鎮、道明鎮、隆興鎮、大劃鎮、崇平鎮、梓潼鎮、榿泉鎮、錦江鄉、公議鄉、雞冠山鄉、濟協鄉、燎原鄉、集賢鄉。
2013年，省政府（川府民政[2013]11號）批復同意撤銷崇陽鎮，設立崇陽街道。調整後，全市轄1個街道、18個鎮、6個鄉。 崇州市境內主要河流有3條：西河、黑石河和金馬河。
西河發源於茍家鄉內火燒營北麓，向東流自鷂子巖出山口入平原，至元通與味江、幹五裏河、泊江匯合。元通以上又稱文井江。自元通以下轉向東南流，有沙溝河、向陽河、白馬河流入。再向南流經三江鎮的蒙渡入新津縣境。全長109公裏，市境內長96.8公裏，流經14個鄉鎮，為崇州市最長河流。
黑石河又稱“黑石大江”，於都江堰市柳街鄉流入市境，向南流經9個鄉鎮，於三江大橋處與羊馬河匯合流入新津縣，總長65公裏，市境內長32.15公裏。
金馬河系岷江之正流，自都江堰市沿江鄉流入市境，沿市東界，斷續為崇州與溫江、雙流的界河。市內河岸（右岸）全長10公裏。
上述3條主要河流同市境內180多條大小支流相聯結，在崇州市構成水道網，至新津縣境內匯入岷江。 除降水外，崇州市年河川徑流總量為157074萬立方米。其中都江堰輸水量80511萬立方米，本地河流水量73952萬立方米，山丘塘庫蓄水、機電提水、山溪溝引水和可利用的淺層地下水計2611萬立方米。農業生產可利用水量為67648萬立方米，平均每畝有水1090立方米。
崇州市水力資源豐富，理論蘊藏量總計為110900kW，可開發量為53605kW。
崇州市由河流、池塘、水庫、水氹等構成水面***計10萬畝，可供養殖的水面為3807畝。尚有可開發水面3500余畝。 崇州屬中亞熱帶濕潤氣候區，宜於生物生長。植物方面樹種繁多，遍布山、丘、壩的喬、灌木，主要有65科300余種，藥用植物占120余種。屬國家保護的珍貴稀有樹木5種：紅豆樹、水杉、珙桐、羅漢松和紫檀。
野生動物種類繁多，哺乳類、鳥類、魚類、兩棲類、爬行類、昆蟲類以及軟體類、節肢類、環節類等動物達數百種，珍稀動物有金絲猴、巖驢、獐子、扭角羚（即野牛）、大熊貓、小熊貓。名貴鳥類有相思鳥、百靈鳥、野雉、鸚鵡、貝母雞等。此外，還有罕見的大鯢（娃娃魚）和雪豹、梆梆魚（俗名）等。 2014年全市實現地區生產總值2032290萬元，按可比價計算（下同），比上年增長9.8%，其中：第壹產業實現增加值305997萬元，增長4.4%；第二產業實現增加值1010408萬元，增長13.2%；第三產業實現增加值715885萬元，增長7.4%。壹二三產業結構為15.1:49.7:35.2，三次產業對經濟增長的貢獻率分別為7.4%、66.4%、26.2%。按常住人口計算，人均地區生產總值30616元，增長9.7%。
全市非公經濟實現增加值1364793萬元，增長11.0%，其中民營經濟實現增加值1341131萬元，增長11.0%，民營經濟占GDP的比重為66.0%，對經濟增長的貢獻率達74.5%。 全年農林牧漁業總產值達到506453萬元，增長4.4%。其中：農業總產值213021萬元，增長6.2%；林業總產值8345萬元，增長3.5%；牧業總產值258960萬元，增長2.5%；漁業總產值10287萬元，增長7.2%；農業服務業總產值15840萬元，增長11.0%。
全年糧食播種面積達到657816畝，糧食總產量281042噸,油料種植面積163614畝，總產量24084噸。蔬菜種植面積108858畝，產量284146噸。肉牛出欄20262頭、肉羊出欄17231只，牛奶產量達到7161噸。經四川省調查總隊核定：2014年，全市生豬出欄71.5萬頭、生豬存欄55.1萬頭。全年肉類總產量80219噸，其中：豬肉產量63137噸。
農業機械總動力達41.8萬千瓦，擁有大中型拖拉機1066臺，小型拖拉機5046臺，聯合收割機324臺；全年機耕作業面積49900公頃，機電灌溉作業面積8000公頃，機播面積19534公頃，機收面積41533公頃。
現代農業經營體系初步建成。探索形成“農業***營制”，“農業***營制”新型農業經營體系受到中央、省、成都市領導肯定。全市土地股份合作社255個，入社面積31萬畝，59.1%的土地加入土地股份合作社，適度規模經營率達69%。建成糧食高產穩產綜合示範基地7.5萬畝。全年整治渠道169.1公裏，改善灌面2.4萬畝。 2000年底，崇州市工業總產值78.7億元，比1986年增長30倍。產品由傳統工業、重工業向輕工轉移，重、輕工業產值比例由1986年的75:25轉變為38.5:61.5。
2012年，崇州市規模以上工業企業116家，實現增加值45.07億元，增長19.4%；規模工業實現利稅17.85億元，增長76.2%，利潤總額12.94億元，增長101.8%。2012年鋼材11.9萬噸，增長58.1%；皮革鞋靴459.8萬雙，增長65.7%；飼料19.38萬噸，增長6.5%；蓄電池188.79萬千伏安時，增長19.4%；輕革1101.9萬平方米，增長6.9%；人造板9.9萬立方米，增長10.5%；家具399.7萬件，增長10.9%；玻璃包裝容器18.6萬噸，增長15.3%。 全市規模以上工業企業148家，完成規模工業總產值2297906萬元，實現工業增加值635524萬元，增長13.6%；規模工業實現主營業務收入2190745萬元，實現利稅總額192443萬元，利潤總額131029萬元；規模企業實現總資產貢獻率為11.2%，成本費用利潤率為6.2%，資本保值增值率為117.8%，資產負債率為49.8%。