壹、法律依據和文書運用的對象不同(壹)根據《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十八條的規定，稅務機關有根據認為從事生產、經營的納稅人有逃避納稅義務行為的，可以在規定的納稅期之前，責令限期繳納應納稅款;在限期內發現納稅人有明顯的轉移、隱匿其應納稅的商品、貨物以及其他財產或者應納稅收入跡象的，稅務機關可以責成納稅人提供納稅擔保。即只有在稅務機關有根據認為從事生產、經營的納稅人有逃避納稅義務行為的情況下，可在規定的納稅期之前，使用《限期繳納稅款通知書》，責令限期繳納。並且該文書適用的對象只能是從事生產、經營的納稅人，對扣繳義務人或非從事生產、經營的納稅人則不適用。(二)根據《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十二條的規定，“納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”，以及第四十條規定，“從事生產經營的納稅人、扣繳義務人未按照規定的期限繳納或者解繳稅款，納稅擔保人未按照規定的期限繳納所擔保的稅款。由稅務機關責令限期繳納，逾期仍未繳納的，稅務機關采取強制執行措施時，對前款所列納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人未繳納的滯納金同時強制執行”。從上述兩條規定可看出，稅務機關對所有未按照規定期限繳納或解繳稅款的納稅人、扣繳義務人以及未按照規定的期限繳納所擔保的稅款的納稅擔保人，均適用《催繳稅款通知書》進行催繳。二、兩者處理的程度不同《限期繳納稅款通知書》只要求納稅人在規定的期限內繳清稅款，而《催繳稅款通知書》不僅要求納稅人、扣繳義務人和納稅擔保人在規定的期限內繳清稅款，還要繳清滯納金。
三、其他對於新《征管法》第三十七條規定，“對未按照規定辦理稅務登記的從事生產、經營的納稅人以及臨時從事經營的納稅人，由稅務機關核定其應納稅額，責令繳納”，以及第六十八條的規定，“納稅人、扣繳義務人在規定不繳或者少繳應納或者應解繳的稅款的，經稅務機關責令限期繳納，逾期仍未繳納的”，其中涉及的應納稅額核定通知書等各種繳納稅款文書，包括日常已申報未繳納稅款的稅收繳款書或者稽查局已送達的稅務處理決定書等，由於這些稅務文書中均已對納稅人或者扣繳義務人、納稅擔保人應納的稅款、滯納金限定最後繳納期限(相當於已履行告知“責令限期繳納”的程序，故不必再使用《限期繳納稅款通知書》)，因此逾期繳納均須用《催繳稅款通知書》進行催繳。總之，除了新《征管法》第三十八條規定的情形適用《限期繳納稅款通知書》外，其余涉及到的逾期繳納稅款均使用《催繳稅款通知書》文書責令限期繳納。
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