3%的增值稅專用發票是小規模納稅人向國稅局開具的，小規模納稅人自己開具的發票只是普通發票，不能抵扣。
區別:對於普通納稅人來說，收到相應的專用發票後，認證通過，可以抵扣的僅限於發票上各自的稅額。對於小規模納稅人或者非增值稅納稅人來說，不需要談什麽區別，只是壹個購買商品的合法證明。
用法:首先，發票是您相關業務的真實合法憑證；對於普通納稅人來說，就是抵扣進項稅。
擴展數據:
增值稅專用發票由中華人民共和國國家稅務總局監制印制，僅供增值稅壹般納稅人使用。它們不僅作為納稅人反映其經濟活動的重要會計憑證，而且作為賣方納稅義務和買方進項稅的法律憑證。它是增值稅計算和管理中重要的、決定性的、合法的專用發票。
增值稅普通發票由基本聯或基本聯加其他聯組成。基本券是兩張券:壹張發票券和壹張記賬券。
增值稅專用發票由壹張基本聯或壹張基本聯加其他聯組成，基本聯三聯:
第壹聯:記賬聯，即賣方的發票聯，是賣方的記賬憑證，即賣方是銷售貨物的原始憑證，票面“稅額”指“銷項稅額”，“金額”指銷售貨物的“價不含稅”發票聯，具有復印功能，壹次開具，三聯內容壹致。
第二個環節是抵扣環節(買家用來抵扣稅款)；
第三份是發票復印件(買方記賬用)；
四倍:
第壹張藍色存根
第二份棕色發票
第三綠色扣除環節
第四聯黑色記賬聯
聯盟的作用:
第壹聯:存根聯，賣方留存備查。
第二聯:發票聯，采購單位付款的會計憑證。
三方:扣稅，以買方為扣稅憑證。
第四:記賬，賣方作為銷售記賬的憑證。
其中，發票聯作為購貨方計算采購成本和增值稅進項稅額的會計憑證；抵扣聯，作為買方提交主管稅務機關認證並留存備查的憑證；記賬憑證作為賣方計算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。其他聯合使用，由壹般納稅人確定。
功能
(1)增值稅專用發票是商業憑證。由於購置稅是憑發票抵扣的，買方要向賣方繳納增值稅，所以也是完稅憑證，起到賣方納稅義務和買方進項稅的法律證明作用。
(2)貨物從最初生產到最終消費的各個環節都可以通過增值稅專用發票進行銜接。按照專用發票上註明的稅額，對每個環節進行征稅和抵扣，使稅款從上壹個業務環節傳遞到下壹個業務環節，直至將貨物或服務提供給最終消費者。這樣，各環節開具的增值稅專用發票上註明的應納稅額之和，就是該貨物或服務的整體稅負。因此體現了增值稅普遍征收、稅負公平的特點。
參考資料:
百度百科-增值稅專用發票