股權並購中的稅務風險，主要指被並購企業存在並購方在並購前不知情的欠稅，或者因被並購，已經享受的優惠政策被追回，導致並購方的損失。
並購方在實施並購前，壹般要評估被並購企業的投資價值，決定被並購企業投資價值的因素之壹是稅收問題。比如，是否存在大額欠稅，是否存在未結束的稅務稽查等。如果存在大額欠稅，則會影響企業的投資價值；如果存在未結束的稅務稽查，因無法判定潛在的涉稅風險，也不好判斷其投資價值。所以，在並購前作盡職調查時，不可缺少的壹項內容就是調查被並購方的稅收問題。有些企業在開展並購時，恰恰就是因為稅收調查不到位而吃了大虧。
有這樣壹個案例，甲公司欲進軍房地產業，於是並購了房地產企業乙公司。在並購前，甲公司只考慮到乙公司持有的土地面積、土地位置等因素，沒想到該企業壹直沒有清算土地增值稅。並購後，地稅局要求乙公司進行土地增值稅清算，乙公司補繳了數額較大的土地增值稅。加上補繳的大額土地增值稅稅款，甲公司並購乙公司支付的價款，超過了乙公司的投資價值，這樣的並購就是失敗的並購。
類似問題還存在於以並購為主業的投資銀行。某投資銀行最近出現了幾次並購項目都做不下去的情況，盡管已聘請會計師做審計，聘請律師設計架構，已投入大量資金，但最終不得不放棄，原因就是在並購中發現被並購項目存在大量的欠稅問題，沒有投資價值，前期的投入只好打了水漂。
股權投資的稅務風險
集團內部的重組，除了股權劃轉外，還經常出現股權投資的情況。比如集團公司A公司，將持有的下屬企業B公司的股權，投資到另壹下屬企業C公司，B公司由A公司的子公司變成孫公司，認為這樣操作可以享受特殊重組的所得稅待遇。A公司以持有的B公司股權對C公司出資，是否可以享受特殊重組的所得稅待遇？
當然不可以。《財政部、國家稅務總局關於企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（財稅〔2009〕59號）規定，本通知所稱企業重組，是指企業在日常經營活動以外發生的法律結構或經濟結構重大改變的交易，包括企業法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合並、分立等。也就是說，在財稅〔2009〕59號文件的重組類型中，根本就沒有股權出資這種類型，只有股權收購。所謂股權出資，只是由於股權購買方以自身股權作為支付對價，才表現為股權出讓方以轉讓的股權對股權收購方出資。根據《國家稅務總局關於發布〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2010年第4號）的規定，企業發生財稅〔2009〕59號文件第六條第二項規定的股權收購業務，要享受股權收購特殊重組的所得稅待遇，需要提交的憑證中，至少應包括股權收購協議。如果直接以股權出資，就拿不出股權收購協議，是無法享受特殊重組待遇的。
B公司股權由A持有變成由C持有，如果希望享受特殊重組所得稅待遇，不應由A公司直接以其持有的B公司股權對C公司出資，而是A公司將其持有的B公司股權賣給C公司，C公司以自己的股權作為支付對價，最終從形式上表現為A公司以持有的B公司股權對C公司出資。A公司和C公司之間，應簽署壹份股權收購協議，以股權收購的方式，而不是以股權出資的方式完成上述過程。A公司以股權對C公司出資，是C公司以股權作為對價的表現方式。如果A公司直接以持有的B公司股權對C公司出資，因無法提交股權收購協議這壹個缺陷，就無法享受特殊重組待遇。
並購重組稅務風險的防控
無論是防控股權並購中的稅務風險，還是防控股權出資的稅務風險，需要根據稅務風險發生的壹般規律，采取事先防控，而不是事後彌補的策略。
對股權購買方而言，在判定被並購企業的投資價值時，首先要考慮稅收問題，全面、清楚地了解被並購企業是否存在欠稅問題。如果存在，金額是多少？是否存在未了的稅務稽查，如果存在，根據涉及的稅種及問題的性質，判斷潛在的風險有多大。是否存在已經享受的優惠政策因被並購而被追繳回去的風險。
對股權出讓方而言，如果出讓的股權比例符合特殊重組的標準，就應考慮收取對價的方式，盡量不要或少要現金，最好與收購方協商，以股權支付的方式爭取遞延納稅義務。
如果需要以股權出資，不要直接出資，將股權出資變成股權收購，收購方以自身股權作為支付對價，通過這種變通的方式，既實現了股權出資的目標，又遞延了納稅義務。