實踐中，部分地區這種情況要求施工單位將農民工工資轉入專用賬戶，工資由專用賬戶支付。實際上費用是由勞務公司承擔和核算的，應該代扣代繳稅款。
不屬於上述情形，施工方以施工方名義直接支付農民工工資的，依據個人所得稅法的規定，以支付人為扣繳義務人，由施工方代扣代繳個人所得稅。
1，農民工被企事業單位錄用並簽訂壹定期限的勞動合同。支付工資時，由支付人按照“工資、薪金所得”項目代扣代繳稅款，以其實際收入扣除法律費用後，按5%至45%的累進稅率繳納稅款；
2、農民工短期提供勞務，按“次”或按月計征勞務報酬，由支付人按“勞務報酬所得”扣繳稅款，月收入或“次”收入不足4000元的，減去800元手續費，再按20%的稅率納稅，月收入或“次”收入高於4000元的，扣除20%的收入費用後，再按20%計征。
銀行會代發工資嗎？
銀行發工資的時候不會直接扣除個人所得稅。個人所得稅由用人單位作為扣繳義務人直接扣除。個人所得稅的扣除額是根據工資的多少來確定的，不超過起征點就不扣除個人所得稅。
根據《中華人民共和國個人所得稅法》第九條規定，個人所得稅以所得為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關發給納稅人識別號。扣繳稅款時，納稅人應向扣繳義務人提供納稅人識別號。
第十壹條居民個人取得的綜合所得，按年計算繳納個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次扣繳預繳稅款；需要結算的，應當在取得收入後的次年3月1日至6月30日內結算。代扣代繳辦法由國務院稅務主管部門制定。
居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人應當在按月預繳稅款時按照規定扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金、勞務報酬、特許權使用費和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按月扣繳，不辦理匯算清繳。