要編制好審計實施方案應當從以下幾個方面入手;
壹、充分明確審計項目的審計目標，要仔細研究年度審計工作計劃對項目的要求，以確定審計目標。如預算執行審計要明確對預算編制、預算執行等真實、合法、績效性的審計目標；經濟責任審計要明確領導幹部履行經濟責任情況的審計目標；其他審計項目要明確在財政財務收支及有關經濟活動的真實性、合法性、效益性等方面的審計目標。二、要充分調查了解被審計單位及其相關情況並結合審計目標要求，判斷可能存在的問題，判斷問題的重要性來確定審計方案中的審計事項，以及確定審計應對措施。
1、審計人員可以通過書面或者口頭詢問、檢查書面文書、現場觀察、追蹤業務流程、分析等方法，從單位性質組織結構、職責範圍經營範圍業務活動及其目標、相關法律法規政策及其執行情況、財政財務管理體制和業務管理體制、適用的業績指標體系、相關內部控制及其執行情況、相關信息系統及其電子數據情況、經濟環境行業狀況及其他外部因素、以往接受審計和監管及其整改情況、需要了解的其他情況等方面，調查了解被審計單位及其相關情況。
2、在調查了解過程中，審計人員可以將：法律、法規、規章和其他規範性文件；國家有關方針和政策；會計準則和會計制度；國家和行業的技術標準；預算、計劃和合同；被審計單位的管理制度和績效目標；公認的業務慣例或者良好實務；分析調查了解的被審計單位及其相關情況，判斷被審計單位可能存在的問題。
3、審計人員針對調查了解中發現的被審計單位可能存在的問題，從是否屬於涉嫌犯罪的問題；是否屬於法律法規和政策禁止的問題；是否屬於故意行為所產生的問題；可能存在問題涉及的數量或者金額；是否涉及政策、體制或者機制的嚴重缺陷；是否屬於信息系統設計缺陷；黨政機關主要領導及公眾的關註程度等方面，判斷被審計單位可能存在的重要問題，同時審計組應當評估被審計單位存在重要問題的可能性，以確定審計實施方案中的審計事項和審計應對措施。
4、審計實施方案中應明確審計人員分工、審計時間審計步驟和方法，對不同的審計事項應安排不同的審計人員負責實施，對認為重要的審計事項應安排有經驗的審計人員承擔，並根據不同的審計事項采取賬務檢查、盤存實物、計算機審計等審計步驟和方法，同時明確審計人員完成審計事項的時間，做到分工明晰，責任分明。
三、在編制審計工作方案時要註意征求審計組成員、其他有經驗審計人員意見，保證審計實施方案的切實可行，方案完成後要及時下發審計組成員，使每位審計組成員明白各自的任務和工作重點，同時在實施審計方案過程中對出現的：年度審計項目計劃、審計工作方案發生變化；審計目標發生重大變化的；重要審計事項發生變化；被審計單位及其相關情況發生重大變化；審計組人員及其分工發生重大變化等情形之壹的，審計組應當及時調整審計實施方案以保證審計項目的順利有效實施。