1、作為軟件得到重點保護的依據
《國務院〈鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若幹政策〉的通知》第三十二條規定：“國務院著作權行政管理部門要規範和加強軟件著作權登記制度，鼓勵軟件著作權登記，並依據國家法律對已經登記的軟件予以重點保護。”
2、作為稅收優惠的依據
根據《國務院〈鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若幹政策〉的通知》及財政部、國家稅務總局的相關文件，國家對已經登記的軟件將會予以重點保護，並享受有關稅收、知識產權、融資、進出口、人才吸引等若幹的優惠政策。
3、作為技術出資入股
《關於以高新技術成果出資入股若幹問題的規定》規定計算機軟件可以作為高新技術出資入股，而且作價的比例可以突破公司法20%的限制達到35%。現在有的地方更規定軟件可以作價100%以技術出資的規定。不過壹般都要求軟件著作權應當取得登記。
4、作為申請科技成果的依據
科學技術部關於印發《科技成果登記辦法》的通知第八條規定：“辦理科技成果登記應當提交《科技成果登記表》及下列材料：(壹)應用技術成果：相關的評價證明(鑒定證書或者鑒定報告、科技計劃項目驗收報告、行業準入證明、新產品證書等)和研制報告;或者知識產權證明(專利證書、植物品種權證書、軟件登記證書等)和用戶證明。”這裏的登記可以理解為著作權的登記，其他部委也有類似規定，以軟件申請技術成果應當遞交軟件登記證書。
除此之外，軟件著作權登記還有更為現實的意義，就是享有軟件著作權證明作用。軟件由壹系列的代碼組成，稱為源代碼，其可以無限制的復制。軟件著作權所保護的是源代碼，壹般認為誰持有源代碼，誰即是著作權人。由於源代碼的可復制性，不象復制紙質材料那樣可以區分原始與復制件，假使源代碼保密不嚴，就很難區分著作權人。如果盡早進行著作權登記，取得《軟件著作權登記證書》，這就是初步的權利證明，在發生軟件著作權爭議時，《軟件著作權登記證書》是主張軟件權利的有力武器，同時是向人民法院提起訴訟、請求司法保護的最好證據，而對方要證明《軟件著作權登記證書》並非真正軟件著作權人，在舉證上具有相當大的難度。在進行軟件著作權貿易時，《軟件著作權登記證書》作為權利證明，也有利於交易的順利完成。
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