1.與紙質增值稅專用發票相比，電子增值稅專用發票和電子專用發票進壹步簡化了發票票面樣式，采用電子簽名取代了原有的專用發票印章；
2.電子簽章用於代替增值稅專用發票印章，其法律效力與紙質增值稅發票相同，無需蓋章；
3.電子專用發票沒有電子印章可以使用。增值稅電子專用發票采用電子簽名代替發票專用章，其法律效力與紙質增值稅專用發票相同。
增值稅電子專用發票的抵扣流程如下:
1.壹、登錄企業增值稅發票綜合服務平臺；
2.選擇“抵扣”，勾選“發票抵扣”，勾選發票類型為增值稅電子專用發票；
3.選擇發票日期後，點擊查詢找到發票信息，然後點擊提交彈出認證信息；
4.檢查信息無誤後點擊確定，會出現提示。電子發票與紙質發票具有同等法律效力，納稅人取得的電子發票不能再以紙質形式保存；
5.納稅人需要使用紙質印刷電子發票作為申報報銷依據的，應當同時保存與紙質印刷電子發票同時打印的電子發票。也就是說，可以直接保存電子檔進行報銷和備案；以紙質方式備案的，應當同時保存紙質的電子發票。
法律依據:《中華人民共和國發票管理辦法》第二十二條。
發票應當按照規定的時限、順序、欄目開具，全部壹次性開具並加蓋專用發票。
任何單位和個人不得有下列虛開發票的行為:
(壹)為他人、為自己開具與實際經營情況不符的發票；
(二)讓他人為自己開具與實際經營情況不符的發票；
(三)介紹他人開具與實際經營情況不符的發票。
第十六條
臨時需要使用發票的單位和個人，可以憑購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動的書面證明和經辦人的身份證明，直接向經營地稅務機關申請開具發票。依照稅收法律、行政法規的規定應當納稅的，由稅務機關先征稅後開具發票。稅務機關根據發票管理的需要，可以按照國務院主管稅務機關的規定委托其他單位開具發票。
禁止非法開具發票。