企業稅控IC卡丟失稅務機關無權處罰。稅務機關對企業被盜丟失稅控IC卡予以行政處罰是違法的。稅務機關作出的稅務處罰，在實體上沒有法定的依據，在程序上也不符合法定的要求。
稅控IC卡，是稅務機關要求增值稅防偽稅控企業安裝，用來購買和開具專用發票的防偽稅控專用設備。
稅收相關法律規定：對“損毀或擅自改動稅控系統”行為設定行政處罰的是《稅收征收管理法》第六十條：未按照規定安裝、使用稅控裝置，或者損毀或者擅自改動稅控裝置的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款。若企業IC卡是因為丟失，企業既沒有損毀，也沒有擅自改動該IC卡。無論是損毀，還是擅自改動，都是必須以行為人存有主觀故意，對稅控設備有違反規定的損毀或者改動的行為。
國家稅務總局在金稅工程剛起步不久的1999年，制定了《增值稅防偽稅控系統管理辦法》(國稅發[1999]221號)。規定了防偽稅控企業應采取有效措施保障開票設備的安全，對稅控IC卡和專用發票應分開專櫃保管；要求防偽稅控企業專用設備發生丟失被盜的，應迅速報告公安機關和主管稅務機關。並在第四十三條規定：“防偽稅控企業未按規定使用保管專用設備，發生下列情形之壹的，視同未按規定使用和保管專用發票處罰；(壹)因保管不善或擅自拆裝專用設備造成系統不能正常運行；(二)攜帶系統外出開具專用發票。”金稅工程是增值稅的生命線，所以稅務機關對防偽稅控系統非常重視，唯恐出現差錯，為了督促企業妥善、安全地保管稅控設備，就提出參照1993年財政部、國家稅務總局制定的《發票管理辦法》對兩種未按規定使用保管專用設備的行為進行處罰。
因此對丟失稅控IC卡進行稅務行政處罰是沒有法律依據的。違反行政處罰“法無明文規定不得處罰”原則。我國《行政處罰法》第三條也明確規定：“沒有法定依據或者不遵守法定程序的，行政處罰無效。”
該類稅務行政處罰案件在基層稅務機關常有發生。針對稅控IC卡，除了被盜丟失，還有各種遺失，甚至不小心折斷損壞也要進行處罰。稅控IC卡的丟失不屬於《發票管理辦法》規範的範圍，上述這些導致稅控IC卡丟失的原因既不是損毀，也不是保管不善或擅自拆裝專用設備造成系統不能正常運行。在稅務處罰上沒有法定的依據，稅務機關無權處罰。對稅務機關這種違法的行政處罰，建議企業可以提起稅務行政復議，或者直接提起行政起訴，通過司法途徑維護自身權益。
稅控IC卡丟失的風險不會高於銀行卡丟失，只要及時報告，及時處理，風險很小，可能造成的社會危害也就很小。那如果對稅控IC卡丟失不進行處罰，是否會導致企業不重視保管，隨意丟失IC卡的呢？丟失IC卡後，企業需要向稅務機關報告，有時還要向公安機關報案，然後在兩級稅務機關的批準下才能購買新的稅控IC卡，而且IC卡的全國統壹售價是79元，手續的繁瑣以及不菲的售價足夠引起企業及其會計人員的重視。所以實質上，也無需對稅控IC卡的丟失設定行政處罰。