法律分析：如果納稅人超過了應繳納的稅款，稅務機關發現後，應該立即退還，如果稅務機關沒發現是屬於失職行為。根據中華人民***和國稅收征收管理法五十壹條規定，納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還。同時稅收征收管理法實施細則中第七十八條也明確規定了發現多納稅款的情況應當在發現之日起10日內辦理退還手續;納稅人發現多繳稅款，要求退還的，稅務機關應當自接到納稅人退還申請之日起30日內查實並辦理退還手續。
法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》 第五十壹條 納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。
《中華人民***和國稅收征收管理法實施細則》
第七十八條 稅務機關發現納稅人多繳稅款的，應當自發現之日起10日內辦理退還手續；納稅人發現多繳稅款，要求退還的，稅務機關應當自接到納稅人退還申請之日起30日內查實並辦理退還手續。稅收征管法第五十壹條規定的加算銀行同期存款利息的多繳稅款退稅，不包括依法預繳稅款形成的結算退稅、出口退稅和各種減免退稅。退稅利息按照稅務機關辦理退稅手續當天中國人民銀行規定的活期存款利率計算。
第七十九條 當納稅人既有應退稅款又有欠繳稅款的，稅務機關可以將應退稅款和利息先抵扣欠繳稅款；抵扣後有余額的，退還納稅人。