1、丟失發票由稅務機關責令改正，可以處1萬元以下的罰款；情節嚴重的，處1萬元以上3萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收。丟失發票或者擅自損毀發票的，依照規定處罰。
2、法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法》第三十六條
跨規定的使用區域攜帶、郵寄、運輸空白發票，以及攜帶、郵寄或者運輸空白發票出入境的，由稅務機關責令改正，可以處1萬元以下的罰款；情節嚴重的，處1萬元以上3萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收。 丟失發票或者擅自損毀發票的，依照前款規定處罰。
二、丟增值稅發票後怎麽處理
1、丟失已開具的增值稅專用發票。如果丟失的是發票聯和抵扣聯，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果僅僅丟失發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查；如果丟失抵扣聯導致無法認證，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證；
2、丟失已經開具的普通發票。增值稅普通發票丟失後，如果沒有稅務機關的同意，復印件等證明材料是不能作為稅前扣除憑據的。如果納稅人丟失發票聯，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批準後，才能代作原始憑證。同樣的，也需要書面報告主管稅務機關，並做登報作廢說明。
綜上所述，增值稅發票不同於普通發票，丟失後如果不及時作廢的話可能導致國家稅收的減少。企業丟失發票屬於保管不當，稅務部門可能做出行政處罰，丟增值稅發票罰金標準是壹萬元以下。已經開具的發票丟失了，企業要到當地的稅務機關辦作廢手續，需要提供遺失聲明、原發票記賬聯等材料。