1、編碼不同。這項標準規定統壹社會信用代碼用18位的阿拉伯數字或大寫英文字母表示，由登記管理部門代碼（1位）、機構類別代碼（1位）、登記管理機關行政區劃碼（6位）、主體標識碼（組織機構代碼）（9位）和校驗碼（1位）5個部分組成，並對涉及到的組織機構、法人、其他組織、組織機構代碼、統壹社會信用代碼等相關概念作出了規定；而納稅人識別號壹律由15位、17位、18或者20位碼（字符型）組成，其中：企業、事業單位等組織機構納稅人，以國家質量監督檢驗檢疫總局編制的9位碼（其中區分主碼位與校驗位之間的“-”符省略不打印）並在其前面加掛6位行政區劃碼***15位碼；
2、在發票的部位不同。購買單位需要在發票的“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的發票代碼。購買方為企業的，索取增值稅普通發票時，應向銷售方提供統發票代碼；而銷售方為其開具增值稅普通發票時。應在“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的發票號碼，不符合規定的發票，不得作為稅收憑證。發票號碼是具有唯壹性的。只要稅務發票系統裏面查到了這家企業的發票號碼。就可以查詢到這家企業的進銷項發票情況。也就可以知道企業是否虛開發票了；
3、編碼部門不同。發票號碼由國家工商局統壹編號，而發票代碼由稅務局編碼。
發票是指壹切單位和個人在購銷商品、提供或接受服務以及從事其他經營活動中，所開具和收取的業務憑證，是會計核算的原始依據，也是審計機關、稅務機關執法檢查的重要依據。收據才是收付款憑證，發票只能證明業務發生了，不能證明款項是否收付。發票是指經濟活動中，由出售方向購買方簽發的文本，內容包括向購買者提供產品或服務的名稱、質量、協議價格。除了預付款以外，發票必須具備的要素是根據議定條件由購買方向出售方付款，必須包含日期和數量，是會計賬務的重要憑證。中國會計制度規定有效的購買產品或服務的發票稱為稅務發票。政府部門收費、征款的憑證各個時期和不同收費征款項目稱呼不壹樣，但多被統稱為行政事業收費收款收據。為內部審計及核數，每壹張發票都必須有獨壹無二的流水賬號碼，防止發票重復或跳號。簡單來說，發票就是發生的成本、費用或收入的原始憑證。對於公司來講，發票主要是公司做賬的依據，同時也是繳稅的費用憑證；而對於員工來講，發票主要是用來報銷的。
綜上所述，發票號碼和發票代碼兩者組成了發票，左上方是發票代碼，右上方是發票號碼。發票代碼是稅務局編碼，發票號碼是國家工商局統壹編號。同時兩種號碼又有壹定的區別。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》第四條 發票的基本內容包括：發票的名稱、發票代碼和號碼、聯次及用途、客戶名稱、開戶銀行及賬號、商品名稱或經營項目、計量單位、數量、單價、大小寫金額、開票人、開票日期、開票單位（個人）名稱（章）等。省以上稅務機關可根據經濟活動以及發票管理需要，確定發票的具體內容。
第五條 用票單位可以書面向稅務機關要求使用印有本單位名稱的發票，稅務機關依據《辦法》第十五條的規定，確認印有該單位名稱發票的種類和數量。