（壹）明確指出法發[1996]30號關於代開增值稅專用發票的定罪條款應不予適用
《最高人民法院關於適用＜全國人民代表大會常務委員會關於懲治虛開、偽造和非法出售增值稅專用發票犯罪的決定＞的若幹問題的解釋》（法發[1996]30號）第壹條粗糙地將“進行了實際經營活動，但讓他人為自己代開增值稅專用發票”即代開增值稅專用發票的行為“壹刀切”地界定為虛開增值稅專用發票犯罪行為，給長久以來的司法實踐帶來了極大爭議與挑戰，壹定程度上損害了刑法權威和個案的公平正義。
法研[2015]58號復函明確指出，法發[1996]30號關於“進行了實際經營活動，但讓他人為自己代開增值稅專用發票”屬於虛開增值稅專用發票罪的規定不應繼續適用。其理由主要有二：
第壹，代開增值稅專用發票的行為不必然都構成虛開增值稅專用發票罪，例如掛靠代開案件和其他特殊的代開案件。
第二，法發[1996]30號號雖然未被廢止，但該解釋制定於1997年刑法施行前，刑法第二百零五條之規定系1997年刑法修訂後所增加的條款，形成了刑法條文在後、司法解釋在前的局面。根據《最高人民法院關於認真學習宣傳貫徹修訂的的通知》（法發[1997]3號）第五條規定，“修訂的刑法實施後，對已明令廢止的全國人大常委會有關決定和補充規定，最高人民法院原作出的有關司法解釋不再適用，但是如果修訂的刑法有關條文實質內容沒有變化的，人民法院在刑事審判工作中，在沒有新的司法解釋前，可參照執行。其他對於與修訂的刑法規定相抵觸的司法解釋，不再適用。”據此，應當根據現行刑法第二百零五條關於虛開增值稅專用發票罪的規定，合理選擇該解釋中可以繼續參照適用的條文，即法院可以對法發[1996]30號中與刑法第二百零五條之規定不符或相矛盾的規定不予適用。
（二）分類解決代開增值稅專用發票行為罪與非罪的認定問題
法研[2015]58號復函不僅表明了代開增值稅專用發票行為不必然都構成虛開增值稅專用發票的觀點，而且也對代開發票的行為作出了分類，並相對應地回答了各類代開發票行為罪與非罪的問題。這部分內容是法研[2015]58號復函的核心內容
法研[2015]58號復函將代開發票的行為分為三類，即掛靠代開行為、據實代開行為和其他代開行為。
1、掛靠代開發票行為不構成虛開增值稅專用發票罪
法研[2015]58號復函指出，掛靠方以掛靠形式向受票方實際銷售貨物，被掛靠方向受票方開具增值稅專用發票的行為不構成虛開增值稅專用發票罪。其理由有二：
第壹，由掛靠方適用被掛靠方的經營資格進行經營活動，並向掛靠方支付掛靠費的經營方式在實踐中客觀存在，且帶有壹定普遍性。相關法律並未明確禁止以掛靠形式從事經營活動。
第二，虛開增值稅專用發票罪是行政犯，對相關入罪要件的判斷，應當依據、參照相關行政法規、部門規章等，而根據《國家稅務總局關於納稅人對外開具增值稅專用發票有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第39號），掛靠方以掛靠形式向受票方實際銷售貨物，被掛靠方向受票方開具增值稅專用發票的，不屬於虛開。既然掛靠代開行為不具有行政法上的違法性，更不應具有刑法違法性。
2、據實代開發票行為不構成虛開增值稅專用發票罪
法研[2015]58號復函指出，行為人利用他人的名義進行了實際的經營活動，並以他人名義開具增值稅專用發票，行為人主觀上並無騙取抵扣稅款的故意，客觀上也未造成國家增值稅款損失的，不宜認定為虛開增值稅專用發票罪。其理由有四：
第壹，從本罪侵害客體角度看，虛開增值稅專用發票的危害實質在於通過虛開行為騙取抵扣稅款；從本罪行為人的主觀故意內涵看，虛開增值稅專用發票要求行為人在主觀上具有騙取國家抵扣稅款的故意。因此，對於有實際交易存在的代開行為，如行為人主觀上並無騙取的扣稅款的故意，客觀上未造成國家增值稅款損失的，不宜以虛開增值稅專用發票罪論處。
第二，虛開增值稅專用發票罪的法定最高刑為無期徒刑，系嚴重犯罪，如將該罪理解為行為犯，只要虛開增值稅專用發票，侵犯增值稅專用發票管理秩序的，即構成犯罪並要判處重刑，也不符合罪刑責相適應原則。
第三，法發[1996]30號關於“進行了實際經營活動，但讓他人為自己代開增值稅專用發票”屬於虛開的規定不應繼續適用，對代開發票行為的認定需要具體分析。
第四，在載於《刑事審判參考》的“蘆才興虛開抵扣稅款發票案”以及2001年福建高院請示的泉州市松苑綿滌實業有限公司等虛開增值稅專用發票案中，最高院均認為行為人主觀上不具有騙取抵扣稅款的故意，客觀上未造成國家稅款損失的行為不構成本罪。
3、其他代開發票行為需要具體分析
法研[2015]58號復函對上述兩類代開發票行為作出了明確的指導性規定，從壹個側面也反映出其對除上述兩類代開發票行為以外的其他代開發票行為的觀點，即針對行為人代開發票行為是否構成本罪，要綜合考察行為人的主觀故意狀態及行為的危害後果，在符合罪責刑相適應原則的基礎上具體分析與認定。
（四）對本罪爭論較多的傳統問題表達了正確觀點
法研[2015]58號復函在分析代開發票行為罪與非罪的過程中，較為隱晦地針對虛開增值稅專用發票罪爭論較多的傳統問題表達了自己的觀點。
1、關於本罪是否為目的犯的問題
本罪的目的犯之爭由來已久。從本罪罪狀看，刑法並沒有明確規定本罪為目的犯，因而行為人的主觀故意之內涵只能被局限地解釋為行為人在主觀上明知發票開具與真實交易不符而仍然追求虛開的效果，法院在審理此類案件時對行為人是否具有侵害國家稅款的主觀心理狀態無從落腳。目前，有部分學者、司法界人士及律師均認為，虛開增值稅專用發票罪要求行為人在主觀上具有騙取國家抵扣稅款的目的，陳興良教授稱之為“非法定的目的犯”，即法院在審理此類案件時，不僅需要審查行為人的主觀故意狀態，也需要審查行為人的主觀目的狀態。
法研[2015]58號復函就本罪是否構成目的犯沒有做出清晰的答復，但是，卻將行為人“具有騙取國家抵扣稅款的故意”納入到本罪行為人的主觀故意要件之內涵中，巧妙地給予了法院審查行為人之目的的落腳點。可以說，復函將本罪目的犯之爭帶回到主觀故意要件之內涵的理解上，不僅解決了本罪的認定疑難問題，也給法院的司法審查提供了路徑和指導。
2、關於本罪屬行為犯或結果犯的問題
本罪的行為犯、結果犯之爭也是壹項經典議題。從本罪罪狀看，刑法並沒有明確規定本罪為結果犯，行為人只要實施了虛開行為便可構成本罪。但是，本罪的立法目的旨在打擊偷逃騙稅、保障國家稅收，本罪的侵害客體亦系國家稅收，假如行為人只要實施了虛開增值稅專用發票的行為即構成犯罪並要追究刑事責任的，不符合罪責刑相適應原則。因此，目前大多數學者、司法界及律師均認為本罪屬於結果犯，行為人的虛開行為在客觀上造成了國家稅款損失屬於本罪的構成要件之壹。
法研[2015]58號復函在這壹問題上的態度是比較明確的，即認為本罪應屬於結果犯，“虛開增值稅專用發票罪的法定最高刑為無期徒刑，系嚴重犯罪，如將該罪理解為行為犯，只要虛開增值稅專用發票，侵犯增值稅專用發票管理秩序的，即構成犯罪並要判處重刑，也不符合罪刑責相適應原則。”