非居民企業由於會計賬簿不完善、資料不完整或者其他原因，不能準確計算和如實申報應納稅所得額的，稅務機關有權采取下列方法核定其應納稅所得額。
(1)按收入總額核定應納稅所得額:適用於能夠通過合理方法正確計算收入或估計收入總額，但不能正確計算成本、費用的非居民企業。
(2)根據成本費用核定應納稅所得額:適用於能夠正確計算成本費用，但不能正確計算收入總額的非居民企業。
(3)按支出轉化收入核定應納稅所得額:適用於能正確計算支出總額，但不能正確計算收入總額和成本的非居民企業。
(4)稅務機關可以按照以下標準確定非居民企業利潤率:①從事承包工程作業、設計、咨詢服務的，利潤率為15% ~ 30%；(2)從事管理服務的，利潤率為30% ~ 50%；(3)從事其他勞務或勞務以外的經營活動，利潤率不低於15%。
稅務機關有理由認為非居民企業實際利潤率明顯高於上述標準的，可以按照高於上述標準的利潤率核定其應納稅所得額。
(五)非居民企業與中國居民企業簽訂機器設備或者貨物銷售合同，提供設備安裝、裝配、技術培訓、指導監督等服務的。，且提供上述服務的收費金額未在貨物買賣合同中約定，或定價不合理的，主管稅務機關可根據實際情況，參照相同或類似業務的定價標準核定勞務收入。沒有參照標準的，非居民企業勞務收入按照不低於銷售貨物合同總價的10%的原則確定。
(六)非居民企業向中國境內客戶提供服務取得的所得，其提供的服務全部發生在中國境內的，應當在中國境內全額申報並支付。其提供的勞務發生在中國境內、境外的，其境內、境外所得按勞務發生地劃分，在中國境內取得的勞務收入申報繳納企業所得稅。稅務機關對其境內外收入劃分的合理性和真實性有疑問的，可以要求非居民企業提供真實有效的證明，根據工作量、工時、成本費用等因素合理劃分境內外收入；非居民企業不能提供真實有效證明的，稅務機關可以將其提供的全部勞務視為發生在中國境內，認定其勞務收入，並據此征收企業所得稅。
(七)非居民企業以核定征收方式征收企業所得稅，在中國境內從事核定利潤率不同的經營活動，取得應納稅所得額的，應當分別適用相應的利潤率計算繳納企業所得稅；不能單獨核算的，從高適用利潤率計算繳納企業所得稅。
(八)主管稅務機關應將《非居民企業所得稅征收方式鑒定表》(以下簡稱《鑒定表》)及時送達非居民企業。非居民企業應在收到《評估表》後10個工作日內完成《評估表》並交付主管稅務機關，主管稅務機關應在受理《評估表》後20個工作日內完成征收方式的確認。
(九)非居民企業以核定征收方式計算申報的應納稅所得額不真實或者與其功能風險明顯不匹配的，稅務機關有權進行調整。