非正常損失進項稅，不得抵扣。
財稅[2016]36號《關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》附件1實施辦法第二十七條規定了非正常損失所涉及的進項稅額不允許抵扣，包括：
（壹）非正常損失的購進貨物，以及相關的加工修理修配勞務和交通運輸服務。
（二）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物（不包括固定資產）、加工修理修配勞務和交通運輸服務。
（三）非正常損失的不動產，以及該不動產所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
（四）非正常損失的不動產在建工程所耗用的購進貨物、設計服務和建築服務。
納稅人新建、改建、擴建、修繕、裝飾不動產，均屬於不動產在建工程。
其中，非正常損失，是指因管理不善造成貨物被盜、丟失、黴爛變質，以及因違反法律法規造成貨物或者不動產被依法沒收、銷毀、拆除的情形。
理解非正常損失可以從以下三方面把握：
首先非正常損失為什麽不允許抵扣。
這是由於現行的購進扣稅法（基本步驟是先用銷售額乘以稅率，得出銷項稅額，然後再減去同期各項外購項目的已納稅額，從而得出應納增值稅額。）蘊含著以下公式：
應納增值稅額=增值額×稅率=(產出-投入)×稅率
=銷售額×稅率-同期外購項目已納稅額
=當期銷項稅額-當期進項稅額
當某壹原材料投入不再產生價值增值的時候，實際上就是到了產品增值過程的末端，理應負擔相應的增值稅稅負。換句話說，進項稅額的抵扣是以購進的產品能夠參與增值過程並產生銷項稅額為基礎的。
我們的日常生產過程中，總有些損耗是無法避免的，比如下腳料、殘次品什麽的，這可以看成是生產增值過程中必不可少的壹個環節，所以相應的進項稅是可以抵扣的。
但是有些非正常的損失，不是生產過程中必須的，是納稅人自身的原因造成的。這部分的損耗就沒有產生增值，所以相應的進項稅就不能繼續抵扣了。我們也可以理解為這部分的商品的最終價值是在本環節最終實現了，此時納稅人就是負稅人，相應的進項稅就不再可以抵扣了。
其次是非正常損失的範圍。
現行政策對非正常損失進行了限縮解釋，將其局限為因管理不善造成貨物被盜、丟失、黴爛變質，以及因違反法律法規造成貨物或者不動產被依法沒收、銷毀、拆除的情形。這樣的話在通常意義上的正常損耗和非正常損失之間就存在壹種特殊的損失，就是不可抗力，諸如臺風、地震、滑坡、泥石流造成的損失。
從民法的角度看，這部分的損失無關乎責任，只關乎風險，能做的要麽找保險公司，要麽自認倒黴。而這部分的損失雖然也沒有產生價值增值，但是也可以抵扣進項稅，實際上體現了國家對納稅人的照顧。因為這些不可抗力造成的損失往往是巨大的，納稅人此時最需要的是積極開展生產自救，此時再將其損失作進項稅轉出實際上會加重其負擔，也不現實。（也算是國家和納稅人***擔風險啦）
但是，是不是全部的不可抗力造成的損失都可以抵扣呢？認為這種觀點也是錯誤的。主要是因為不可抗力並沒有免除納稅人的管理責任。只有納稅人盡到了管理責任依舊沒有辦法免除的損失才是不可抗力造成的損失。這主要包括兩個方面，第壹是災害發生前避免損失的責任，第二是災害發生後避免損失擴大的責任。
比如說，納稅人明明知道後天要刮臺風，低窪地帶很可能積水，依舊把商品存放在低窪地帶。結果臺風壹來，商品全都泡水裏黴爛了。表面上看，確實是臺風造成的商品黴爛，但是實際上是納稅人沒有盡到管理責任造成的損失。
再比如，雷電引發的山林大火，納稅人明明可以把損失局限在某壹特定範圍，結果啥也不幹，坐等燒完。那麽對於損失擴大的部分，其實納稅人是有管理不善的責任的。
當然啦，理論是壹回事，實踐中取證證明又是另外壹回事了。
第三是關於非正常損失的不動產進項稅轉出計算問題。
現在關於不動產的非正常損失是使用不動產凈值率計算。
其中不動產凈值率＝（不動產凈值÷不動產原值）×100%
不可抵扣進項稅額＝增值稅扣稅憑證註明或計算的進項稅額×不動產凈值率
制度在設計這壹環節的時候，認為雖然不動產的進項稅額是分兩次在13個月內全部計入了抵扣的進項稅額中，但是不動產參與企業商品價值增值的過程是十分漫長的。企業在會計核算中，通過計提折舊的方式將不動產的價值壹點壹點的分攤到生產的商品的價值裏。在改變不動產用途時，不動產的凈值就是不動產尚未參與到商品價值增值過程的余額，這部分的進項稅要進行轉出。
談到這裏就得多說壹句，當某項不動產，改變了用途從不得抵扣進項稅額的狀態轉為可以抵扣的情況，可以認為此時不動產的凈值將會參與商品的價值增值過程，也應當使用凈值率來計算可以抵扣的進項稅額。
但是在此時財稅[2016]36號文件和國家稅務總局公告2016年第15號在計算方法上有了不同的規定。
財稅[2016]36號文件的規定：“按照《試點實施辦法》第二十七條第（壹）項規定不得抵扣且未抵扣進項稅額的固定資產、無形資產、不動產，發生用途改變，用於允許抵扣進項稅額的應稅項目，可在用途改變的次月按照下列公式計算可以抵扣的進項稅額：
可以抵扣的進項稅額=固定資產、無形資產、不動產凈值/（1+適用稅率）×適用稅率
上述可以抵扣的進項稅額應取得合法有效的增值稅扣稅憑證。”
國家稅務總局公告2016年第15號規定：按照規定不得抵扣進項稅額的不動產，發生用途改變，用於允許抵扣進項稅額項目的，按照下列公式在改變用途的次月計算可抵扣進項稅額。
可抵扣進項稅額＝增值稅扣稅憑證註明或計算的進項稅額×不動產凈值率
依照本條規定計算的可抵扣進項稅額，應取得2016年5月1日後開具的合法有效的增值稅扣稅憑證。
按照本條規定計算的可抵扣進項稅額，60%的部分於改變用途的次月從銷項稅額中抵扣，40%的部分為待抵扣進項稅額，於改變用途的次月起第13個月從銷項稅額中抵扣。
兩個文件的計算方式不同，理解應當按照國家稅務總局公告2016年第15號規定執行。首先，15號公告屬於特別法的範疇，而36號文件屬於壹般法，應當按照特別法優於壹般法的規定執行。其次，36號文件中，忽視了不動產在構建過程中可能實際上涉及了多個稅率，需要分開核算的情況，片面的乘以單壹稅率有可能導致納稅人少抵或者多抵進項稅的情況，而15號公告的計算方式更加符合抵扣的實際。