1.扣除財務費用-利息費用。
納稅人在生產經營期間向金融機構借款的利息支出，應當據實扣除；向非金融機構借款的利息支出，不高於按照金融機構同期同類貸款利率計算的金額，準予扣除。
2.管理費用-扣除應納稅工資。
條例規定，企業的合理工資薪金應當據實扣除，這意味著取消了已實施多年的內資企業計稅工資制，切實減輕了內資企業的負擔。但是，允許據實扣除的工資、薪金，必須是“合理的”，明顯不合理的工資、薪金是不扣除的。今後，國家稅務總局將通過制定與實施條例相配套的工資扣除管理辦法來界定“合理”。
3.管理費用方面——職工福利費、工會經費、職工教育經費。
實施條例維持了此前的扣除標準(提取比例分別為14%、2%、2.5%)，但將“應納稅工資總額”調整為“工資薪金總額”，扣除額相應提高。在職工教育經費方面，為鼓勵企業加強職工教育投入，實施條例規定，除國務院財政稅務主管部門另有規定外，企業發生的職工教育經費不超過工資薪金總額2.5%的部分，準予扣除；超出部分應允許結轉並在未來納稅年度扣除。
4.管理費用-扣除業務招待費。
業務招待費是指納稅人為生產經營的合理需要而發生的社會招待費。根據稅法規定，納稅人發生的與生產經營有關的業務招待費，應當在下列限額內扣除:。《企業所得稅法實施條例》第四十三條進壹步明確，企業發生的與生產經營有關的業務招待費，按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售額(營業收入)的5‰，也就是說，稅法采用“兩證合壹”的方法。壹方面，企業發生的業務招待費只允許列支到60%，以區分業務招待費和個人消費，通過設計統壹的比例去除業務招待費的個人消費部分；另壹方面，最高扣除額限定為當年銷售(營業)收入的5‰，用於防止部分企業為了不增加40%的業務招待費，使用多開的發票甚至假發票來抵扣業務招待費。
5、管理費——扣除職工養老基金和失業保險基金
允許在省級稅務機關核定的比例和基數內，計算應納稅所得額時扣除職工養老基金和失業保險基金。