第十條企業、企業在外地設立的分支機構、從事生產經營的場所、個體工商戶和從事生產經營的機構(以下簡稱從事生產經營的納稅人)，應當向當地稅務機關申報辦理稅務登記；
(壹)領取營業執照(含臨時營業執照)的從事生產經營的納稅人，自領取營業執照之日起30日內辦理稅務登記，稅務機關核發稅務登記證件及復印件(領取臨時營業執照的納稅人，核發臨時稅務登記證件及復印件)；
第十四條規定，納稅人在辦理稅務登記時，應當如實填寫稅務登記表。稅務登記表的主要內容包括:
(4)核算方法；
因此，無論分支機構是否進行獨立核算，都應在取得營業執照之日起30日內辦理國稅、地稅登記。
根據《國家工商行政管理總局等六部門關於貫徹落實國務院辦公廳關於加快推進“三證合壹”登記制度改革意見的通知》(工商企註[2015]第121號)，自2015 10，(註:三證指營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證)
《中華人民共和國國家稅務總局關於實施“三證合壹”登記制度改革的通知》(國稅總函[2015]482號)規定，新設立的企業和農民專業合作社(以下簡稱“企業”)在領取工商行政管理部門核發的加載法人和其他組織統壹社會信用代碼(以下簡稱統壹代碼)的營業執照後，無需再次進行稅務登記，領取稅務登記證。企業在辦理涉稅事項時，完成補充資料的采集後，可以使用統壹代碼的營業執照代替稅務登記證。
因此，如果分支機構是按照“三證合壹”制度註冊的，就不需要辦理稅務登記。分支機構需要完成從主管稅務機關收集補充信息。三證整合後，具體的辦稅手續還沒有明確的文件，需要按照當地稅務機關的要求辦理。
《企業所得稅法》第五十條規定，居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當合並計算繳納企業所得稅。
《中華人民共和國國家稅務總局關於印發的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2012第57號)規定:
第二條第壹款:居民企業在中國境內跨地區(指省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同)設立不具有法人資格的分支機構的，居民企業為跨地區經營匯總納稅的企業(以下簡稱匯總納稅企業)，除另有規定外，企業所得稅的征收管理適用本辦法。
第三條規定，匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政轉移”的企業所得稅征收管理辦法:
第五條規定，下列二級分支機構不得在當地分攤繳納企業所得稅:
(1)不具備主要生產經營功能，不在當地繳納增值稅和營業稅的二級分支機構，如產品售後服務、內部研發、倉儲等。，不在當地分攤繳納企業所得稅。
(2)上壹年度被認定為小型微利企業的，其二級分支機構不在當地分享企業所得稅。
(三)新設立的二級分支機構，設立時不就地分享企業所得稅。
(四)當年被註銷的二級分支機構，自註銷稅務登記之日起，其所屬的企業所得稅預繳期不再在當地繳納企業所得稅。
(五)匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不得在當地分擔繳納企業所得稅。
因此，貴公司及其分支機構應合並繳納企業所得稅。需要註意的是，分支機構設立當年不在當地分享企業所得稅；不具備主要生產經營功能，不在當地繳納增值稅和營業稅的二級分支機構，如產品售後服務、內部研發、倉儲等。，不在當地分攤繳納企業所得稅。
具體的分配方法是三因素分配法。相關方法和程序詳見57號公告。
關於將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅[2013]106號)附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》規定:
第四十二條增值稅的繳納地點為: (壹)固定業戶應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣(市)的，向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經中華人民共和國財政部、國家稅務總局或其授權的財政稅務機關批準，總機構可以向總機構所在地主管稅務機關匯總申報納稅。
第四十三條第二款:納稅人以1個月或者1個季度為1個納稅期的，應當自期滿之日起15日內申報納稅；1納稅期為1、3、5、10或15的，自到期日起5日內預繳稅款，次月1起15日內申報納稅。
《增值稅暫行條例》規定:
(壹)固定業戶向其機構所在地主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣(市)的，向各自所在地主管稅務機關申報納稅；經國務院主管財政稅務機關或其授權的財政稅務機關批準，總機構可以向總機構所在地主管稅務機關匯總申報納稅。
第二十三條第二款:納稅人以1個月或者1個季度為納稅期限的，應當自期滿之日起15日內申報納稅；1納稅期為1、3、5、10或15的，自到期日起5日內預繳稅款，次月1起15日內申報納稅。
因此，分支機構應就應稅服務、營業稅服務(不涉及建築和房地產)和增值稅業務(銷售、加工、修理修配)向分支機構所在地申報繳納增值稅/營業稅。其中，經國務院財政稅務機關或其授權的財政稅務機關批準，總機構可以向總機構所在地主管稅務機關征收和申報納稅。
實踐中，根據分支機構的經營範圍確定稅種，稅務機關確定分支機構的納稅期限(按月或按季度)。分支機構無論是否取得應納稅所得額，都應在到期日15日內進行納稅申報，沒有所得的實行零申報。相應申報附加稅費。
分支機構取得的工商營業執照屬於權利和執照，要按照5元蓋章。
分公司對外簽訂合同時，如果合同是應稅憑證，要蓋章。分支機構的業務賬簿應記錄如下:
《國家稅務總局關於印花稅若幹具體問題的規定》((1988)國稅帝子25號)
跨地區經營的分支機構使用的營業賬簿，由各分支機構在其所在地繳納印花稅。對有上級單位撥付資金的分支機構，記錄資金的賬簿按賬面資金撥付金額加蓋稅款，其他賬簿加蓋定額；對於不從上級單位調撥資金的分支機構，只按額度加蓋其他賬簿。為避免同壹筆資金重復稅務貼花，記錄該筆資金的上級單位的賬簿，應在扣除撥給下級機構的資金數額後，對其余部分進行稅務貼花。
《個人所得稅法》第八條規定，個人所得稅由納稅人繳納，由支付所得的單位或者個人代扣代繳。
《個人所得稅全額扣繳申報管理暫行辦法》(國稅發[2005]205號)規定:
第二條扣繳義務人必須依法履行全員全額扣繳個人所得稅的申報義務。
第三條本辦法所稱個人所得稅全額扣繳申報(以下簡稱扣繳申報)，是指扣繳義務人向個人支付應納稅所得額時，無論是否為本單位職工，無論所支付的應納稅所得額是否符合納稅標準，扣繳義務人都應當向主管稅務機關報送支付應納稅所得額的個人(以下簡稱個人)的基本信息， 扣繳稅款次月的已付收入項目、金額、扣繳稅款及其他相關涉稅信息。
本辦法所稱扣繳義務人，是指向個人支付應稅所得的單位和個人。
所以分支機構壹般都有工作人員，比如財務，負責人等。分支機構向員工發放工資時，是扣繳義務人，應當按照規定代扣代繳個人所得稅。分支機構需要向當地稅務機關申請全額扣繳申報。