根據企業所得稅匯算清繳管理辦法:
第十三條對跨地區經營合並繳納企業所得稅的納稅人，由統壹計算應納稅所得額和應納所得稅額的總機構按照上述規定，在匯算清繳期間向當地主管稅務機關辦理企業所得稅年度納稅申報，進行匯算清繳。
分支機構不得進行匯算清繳，但應將分支機構的經營收入和費用報送當地主管稅務機關，再報總機構統壹匯算清繳。總機構應將分支機構及其所屬機構的經營收支納入總機構的匯算清繳，並報送分支機構所在地主管稅務機關。
擴展數據:
企業在匯算清繳期間繳納的所得稅按年計算，按月或季度預繳？
納稅人應於月份或季度終了後十五日內，報送會計報表、預繳所得稅申報表及應由稅務機關核準或備案的有關稅務事項。
年度終了後四十五日內，向當地主管稅務機關報送會計決算報表和所得稅申報表，年度終了後五個月內結清所欠稅款。預繳稅款超過應納稅額的，主管稅務機關應當及時退稅或者抵扣下壹年度應納稅額。
應該指出的是:
1.按月或按季預繳所得稅的納稅人，應在年度終了後15日內申報預繳納稅年度最後壹個預繳期的稅款，不得延期到匯算清繳時申報預繳。
2.納稅人已按規定預繳稅款，因特殊原因不能在規定期限內進行年度企業所得稅納稅申報的，應當在申報期限內提出書面延期申請，經主管稅務機關批準後，在批準的期限內辦理。
3.納稅人因不可抗力不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應當在不可抗力情形消除後立即向主管稅務機關報告。主管稅務機關應當查清事實，予以批準。
4.納稅人在納稅年度中間破產或者終止生產經營活動的，應當自停止生產經營活動之日起30日內向主管稅務機關進行企業所得稅申報，60日內匯算清繳企業所得稅，並依法計算清算期間的企業所得稅，結清應納稅款。
5、納稅人在納稅年度中間發生合並、分立的，根據稅收法律法規的規定，合並、分立後納稅人身份發生變化的，應在變更稅務登記前辦理企業所得稅申報，及時匯算清繳稅款；納稅人身份不變的，可以連續計算納稅年度。
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