船舶離港前：船長必須提供相關文件，並從海事處拿到清關紙。在離港前，船長必須通過VHF報告船舶名稱、呼號、位置、下壹個港口，清關號碼，移民局的確認等，並要獲得離境許可。2）單位持上級主管機關證明，在城市規劃區範圍內作業的，還必須持《建設工程規劃許可證》，向水上交通管理機構提出申請，填報登記表;3）水上交通管理機構在收到申請之日起三十日內提出審核意見，符合條件者，發給《港口經營許可證》;4）申請者憑《港口經營許可證》及有關證件，向所在地工商行政管理機關申請開業，由工商行政管理機關按照國家有關企業及個體經營登記管理規定進行審查，核發營業執照;5）申請者在領取營業執照之日起三十日內，持營業執照向主管稅務機關申請辦理稅務登記。專用碼頭單位，應定期向水上交通管理機構報送貨物吞吐量完成情況等各類統計資料。第十三條專用碼頭單位和個人必須按規定繳納稅金和各項規費。第十四條專用碼頭單位和個人必須執行水上交通管理機構的各項應急決定，及時完成搶險、救災、外事、春運、疏港等特殊任務。第十五條任何單位和個人需在港口陸域修建各種設施時，事先應向水上交通管理機構提出申請，並提供地形圖、平面布置和有關文件資料，經審核同意後，再向有關部門辦理其他有關審批手續。修建與航道管理有關的設施，應征得水上交通管理機構的同意，並辦理有關審批手續。第十六條經批準在港口陸域範圍內建設各種設施的單位和個人，必須遵守國家基本建設程序和有關規定，在建設過程中，必須嚴格按照批準的設計、施工方案實施。需要變更原設計、施工方案的，應征得原批準機關的同意。工程竣工後，必須經建設單位的上級主管部門和有關管理機構驗收合格後，方能交付使用。第十七條水上交通管理機構對專用碼頭單位和個人從事裝卸、儲存等業務進行指導、檢查和監督，並提供服務。第十八條水上交通管理機構應對專用碼頭單位和個人的安全生產進行指導、監督。專用碼頭單位和個人從事裝卸、搬運、儲存危險貨物業務，事先應向水上交通管理機構提出申請，經審核同意後，再向有關部門辦理特許手續，方可作業。