1.查驗資料
查驗納稅人出示的證件、資料是否齊全、有效。
2.審核、錄入資料
（1）通過系統調閱壹般納稅人認定信息，審核輔導期是否到期；
（2）審核《增值稅壹般納稅人申請認定表》填寫是否完整準確，印章是否齊全，發現問題的應當場壹次性告知納稅人補正或重新填報；
（3）符合受理條件的，通過系統正確受理電子文書《增值稅壹般納稅人申請認定表》，打印《文書受理回執單》交給納稅人。
2.轉下壹環節
審核無誤後，將納稅人報送的所有資料轉下壹環節。
管理所環節
接收上壹環節轉來的資料後，進行案頭審核和實地調查，主要有以下內容：
1.案頭審核
調閱以下內容，對其進行審核：
（1）法定代表人身份證明
（2）會計人員身份證明
（3）會計從業資格證書
（4）稅務登記證明
（5）工商營業執照或其他核準執業證件信息
（6）房屋租賃合同
（7）增值稅申報表信息
核對納稅人提供的《增值稅壹般納稅人申請認定表》填寫信息與上述資料是否壹致，與納稅人的登記註冊信息是否相符等。
2.實地調查
主要核實：納稅評估的結論是否正常；約談、實地查驗的結果是否正常；企業申報、繳納稅款是否正常；企業是否能夠準確核算進項、銷項稅額，並正確取得和開具專用發票和其它合法的進項稅額抵扣憑證。
通過以上審核，確定審核結果，核查人員填報《輔導期增值稅壹般納稅人轉正調查表》，上傳文書《增值稅壹般納稅人申請認定表》，並使《輔導期增值稅壹般納稅人轉正調查表》和文書《增值稅壹般納稅人申請認定表》的意見保持壹致。同時，管理所應將紙質資料（造具增值稅結算表1份）傳遞的同時將電子文書傳送給區局。
區局環節
通過企業提供的紙質資料和管理所的《輔導期增值稅壹般納稅人轉正調查表》，確定審批結果，簽署審批意見，將相關資料歸檔。
納稅人審批資料的領取：
納稅人在接到辦稅服務廳（室）綜合崗通知，憑《文書受理回執單》到受理窗口領取審核完畢的紙質資料（2份《增值稅壹般納稅人申請認定表》）。
2份《增值稅壹般納稅人申請認定表》，1份由納稅人返給管理員，1份由納稅人自己留存。
註：1.只要分管局長對電子文書《增值稅壹般納稅人申請認定表》終審後，納稅人即可購買專票。同時，不用對防偽稅控系統（金稅卡、稅控IC卡）做任何修改。
2. 輔導期內銷售收入未達到90萬的企業，取消資格；輔導期內達到銷售收入的標準，但財務核算不健全，申報不真實，稅負偏低又無正當理由的企業，延長輔導期。