小規模納稅人企業代開增值稅專用發票作廢了，已預繳稅款可在作廢該專用發票所屬季度增值稅申報以前，提交填寫的《退稅申請表》，多繳稅費證明資料原件及復印件，營業執照副本前往主管稅務機關辦理“誤收多繳退抵稅”。
壹、小規模納稅人企業增值稅專用發票代開需要提供：《代開增值稅專用發票繳納稅款申報單》或《代開貨物運輸業增值稅專用發票繳納稅款申報單》，網上辦稅服務廳申請代開的可以只提供十位申請號碼；《營業執照》(副本)。
二、代開專用發票作廢需要提供(當月作廢的增值稅專用發票退稅)：已開具發票各聯次；作廢原因的書面證明材料，記得詳細說明（加蓋公章）。
三、代開專用發票作廢需要提供(跨月紅沖退稅)：《代開增值稅專用發票繳納稅款申報單》，網上辦稅服務廳或電子稅務局申請代開的可以只提供十位申請號碼；《開具紅字增值稅專用發票信息表》；已開具發票各聯次。
註：涉及退稅的，需季度申報結束申報表形成應退稅金後申請退稅，如當月有其他代開專票金額大於此紅沖或作廢發票金額，可於當月下次代開專票時直接沖抵。
小規模納稅人企業需要開增值稅專用發票的註意事項
1、小規模納稅人企業是依據3%的征收率采用簡易計算增值稅的方法。
2、稅法明確規定，增值稅小規模納稅人企業只能開具普通發票，不能開具增值稅專用發票。
3、如果購貨單位非得向小規模納稅人企業索取增值稅專用發票，小規模納稅人企業可以向主管稅務機關申請，代開增值稅專用發票，但是也只能代開征收率為3%的增值稅專用發票。