納稅人代國家稅務機關開具發票時，除繳納增值稅外，還應當向稅務機關繳納城市維護建設稅、教育費附加、個人所得稅等地方稅。 但現實中，個別納稅人在向國稅局申請開具發票後，並未主動申報繳納相關稅款，造成稅負不公，造成稅收損失。
1.委托國家稅務機關征收城市維護建設稅、教育費附加、地方教育費附加、個人所得稅（有扣繳義務人的除外）、跨區域建設企業項目部的企業所得稅。 有條件的地區還可以代納稅人征收資源稅、印花稅等非稅收入，實現納稅人“壹窗”繳納。
2.在票證使用和納稅申報方面，委托國家稅務機關代征稅收的，稅務機關應當明確稅票的繳納、稅票的使用等事項。 稅務機關代表納稅人開具發票。 退銷發票或紅墨發票涉及進庫納稅的，稅務機關應當按照有關規定為納稅人做好退庫工作。
3.所有小規模納稅人（除其他個人外）均可選擇使用增值稅發票管理系統自行開具增值稅專用發票。
4.小規模納稅人自願選擇自行開具增值稅專用發票的，稅務機關不再代其開具。需要註意的是，貨物運輸行業小規模納稅人可以根據自願原則選擇自行開具增值稅專用發票；納稅人不選擇自行開具增值稅專用發票的，按照《國家稅務總局關於印發貨物運輸業小規模納稅人代開增值稅專用發票管理辦法的公告》執行。 （國家稅務總局2017年第55號公告、國家稅務總局2018年第31號公告修訂發布）向稅務機關申請開具增值稅專用發票。小規模納稅人出售取得的房地產，自願選擇自行開具增值稅專用發票，需要開具增值稅專用發票的，稅務機關不再代其開具增值稅專用發票。
5.自願選擇自行開具增值稅專用發票的小規模納稅人出售取得的房地產，需要開具增值稅專用發票的，稅務機關不再代為開具。