企業支付給殘疾人的工資也可以在企業繳納的企業所得稅中扣除，可以按照殘疾人工資扣除。殘疾人是社會中的特殊群體，是社會發展中的特殊力量。關心殘疾人，維護他們的合法權益是國家的義務。在此基礎上，我國還頒布了許多殘疾人就業政策，起到了雙重作用，既保護了殘疾人的就業權益，又使接納殘疾人的企業受益。殘疾人就業達到當地省級政府規定比例的，免征殘疾人保證金，各省規定的比例可能有所不同。比如廣東，根據《廣東省實施辦法》的規定，廣東省定為1.5%。因此，如果企業位於廣東省內，且殘疾職工人數超過65438人+企業上年度平均職工人數的0.5%，可免交殘疾人就業保障金。未達到規定比例的，按以下公式計算保障金(計算結果取小數點後兩位):應繳納保障金=(上年度職工平均總數×1.5%-在職殘疾職工人數)×統計部門公布的上年度職工年平均工資×80%。
享受100%加扣除殘疾職工工資的申請條件。
1，依法與每名安置1年以上(含1年)的殘疾人簽訂勞動合同或服務協議，且每名被安置的殘疾人已在企業實際工作。；
2.每月為殘疾人繳納足夠的社會保險；
3、定期通過銀行等金融機構向殘疾人支付不低於企業所在地最低工資標準的工資；
4、具備安置殘疾人的基本設施。
法律依據:
《中華人民共和國營業稅暫行條例》第八條
下列項目免征營業稅:
(壹)托兒所、幼兒園、養老院、殘疾人福利機構提供的育兒服務、婚姻介紹、殯葬服務；
(二)殘疾人個人提供的勞務；
(三)醫院、診所等醫療機構提供的醫療服務；
(四)學校及其他教育機構提供的教育服務，學生勤工儉學提供的服務；
(五)農業機械化、排灌、病蟲害防治、植物保護、農牧業保險及相關技術培訓業務，家禽、家畜、水生動物的飼養和疾病預防；
(六)紀念館、博物館、文化館、文物保護單位管理機構、美術館、展覽館、書畫院、圖書館舉辦文化活動的門票收入，宗教場所舉辦文化宗教活動的門票收入；
(七)境內保險機構為出口貨物提供的保險產品。