1.計稅方法不同:9%的建築勞務稅率對應的是壹種簡單的計稅方法，即按照總收入，扣除相關費用後，換算成不含稅的收入，再乘以適用的稅率；3%的建築勞務稅率對應的是壹般的計稅方法，即以不含稅收入為基礎，扣除相關費用後，折算為含稅收入，乘以適用稅率；
2.開票不壹樣:9%的建築勞務稅率可以開具增值稅專用發票，3%的建築勞務稅率只能開具增值稅普通發票。
按照簡易計稅方法是3%，壹般計稅方法是9%；
簡單來說，建築勞務就是勞務承包，有些建築勞務是直接招施工隊的。但是現在很多企業為了最大程度的節約成本，都和勞務派遣公司簽訂勞務派遣合同。
如果總承包方按照壹般的計稅方法來計稅，不管是3%還是9%的增值稅專用票，進項稅都不壹樣，其他都壹樣。簡單計稅方法是按照營業額和所得稅增值稅稅率計稅，而不是可以抵扣進項稅的所得稅計稅方法。
個人向稅務機關開具勞務發票，是指個人自願向稅務機關納稅，稅務機關開具發票。憑發票，他可以從付款單位領取報酬。
而單位向稅務機關開具勞務發票，也是幫助個人支付勞務發票，納稅人或個人支付勞務並獲得報酬。
綜上所述，壹般情況下，專業分包商都是包工包料，增值稅稅率為9%，征收率為3%。選擇簡易計稅方法的條件與施工總承包基本相同，要麽是老項目，要麽是甲方提供的項目，要麽是承包人的項目，沒有強制性的簡易條件。
法律依據:
《中華人民共和國發票管理條例》第十六條
發生勞務報酬業務的，應當開具勞務發票。
第二十三條
發票可以向收費對象開具，與付款人相比，付款人可以根據收費的屬性開具發票。而且民間協商決定的勞務報酬屬於收取費用，可以準備開具發票。