工程款支付流程壹般為施工單位在工程結算時開具建築業統壹發票，到建設單位結算工程款。
壹般工程建設過程中，建設方無需繳納營業稅，需要按照工程合同金額繳納印花稅，待該工程項目出售後需要繳納營業稅，土地增值稅，如果自用需要按照房產原值繳納房產稅；
對於施工單位需要就結算的工程價款繳納營業稅和企業獲得的利潤繳納企業所得稅，如果總包方有分包企業，繳納營業稅時可以抵扣分包價款。
1、施工單位根據上月完成工程量，填報申請支付表；
2、交總監理工程師審核；
3、建設方審定；
4、項目所在稅務部門交稅（營業稅、所得稅等）開發票；（也有甲方扣稅的）
5、建設方法人代表在發票簽字同意支付；
6、建設方財務部門轉賬支付。
擴展資料：
壹般規定
（1）土地增值稅只對“轉讓”國有土地使用權的行為征稅，對“出讓”國有土地使用權的行為不征稅。
（2）土地增值稅既對轉讓國有土地使用權的行為征稅，也對轉讓地上建築物及其它附著物產權的行為征稅。
（3）土地增值稅只對“有償轉讓”的房地產征稅，對以“繼承、贈與”等方式無償轉讓的房地產，不予征稅。不予征收土地增值稅的行為主要包括兩種：
①房產所有人、土地使用人將房產、土地使用權贈與“直系親屬或者承擔直接贍養義務人”。
②房產所有人、土地使用人通過中國境內非營利的社會團體、國家機關將房屋產權、土地使用權贈與教育、民政和其他社會福利、公益事業。
百度百科-土地增值稅