納稅人提供建築服務取得預收款，應在收到預收款時，以取得的預收款扣除支付的分包款後的余額，按預征率預繳增值稅。
按照現行規定應在建築服務發生地預繳增值稅的項目，納稅人收到預收款時在建築服務發生地預繳增值稅。按照現行規定無需在建築服務發生地預繳增值稅的項目，納稅人收到預收款時在機構所在地預繳增值稅。
根據《國家稅務總局關於發布《納稅人跨縣（市、區）提供建築服務增值稅征收管理暫行辦法》的公告》（國家稅務總局公告2016年第17號）第五條規定：納稅人取得的全部價款和價外費用扣除支付的分包款後的余額為負數的，可結轉下次預繳稅款時繼續扣除。
納稅人應按照工程項目分別計算應預繳稅款，分別預繳。
根據《中華人民***和國營業稅暫行條例》和《實施細則》第二十四條，第二十五條規定，納稅人提供建築業或者租賃業勞務，采取預收款方式的，營業稅納稅義務發生時間為收到預收款的當天。
擴展資料：
工程預付款支付流程是：
1、施工單位提交預付款《工程款支付申請表》給預算專員，施工單位項目經理要簽字確認;
2、預算辦根據合同約定的預付比例審核預付款，簽署預付款《工程款支付申請表》然後交給財務部;
3、財務部再次復核後，交給總經理和董事長審批，然後將審核審批通過的《工程款支付申請表》交給出納安排付款。