首先所謂非正常戶：是指已辦理稅務登記的納稅人未按照規定的期限申報納稅，在稅務機關責令其限期改正後，逾期不改正的，並經稅務機關派員實地檢查，查無下落並且無法強制其履行納稅義務的納稅人。所以說三個月都是零申報就直接劃入非正常戶為錯誤說法。
處理方法：再次去國稅局查看營業牌照稅務登記信息是否被劃歸為非正常戶，確定為非正常戶後，依據規定流程繳納處理公司的違章處理、流失發票繳銷、欠稅清繳後，在綜合征管軟件中是可以進行非正常戶解除處理的。
如果不處理違章信息，對沒有欠稅且沒有未繳銷發票的納稅人，認定為非正常戶超過兩年的，稅務機關可以註銷其稅務登記證件。
並且在這件事中，國稅局做法就欠妥，按照規定，納稅人未按照規定的期限申報納稅，主管稅務機關責令其限期改正逾期不改正，稅源管理部門派員實地核查查無下落，並且無法強制其履行納稅義務的，經綜合業務部門批準後認定為非正常戶。長期未申報納稅並且沒有相關提示，可以向上級部門反映，不過首先解除非正常戶才是正事。
拓展回答：
非正常戶管理三個方面：
認定
已辦理稅務登記的納稅人未按照規定的期限申報納稅，主管稅務機關責令其限期改正逾期不改正，稅源管理部門派員實地核查查無下落，並且無法強制其履行納稅義務的，經綜合業務部門批準後認定為非正常戶。主管稅務機關暫停其稅務登記證件、發票領購簿和發票 的使用。
註銷
對沒有欠稅且沒有未繳銷發票的納稅人，認定為非正常戶超過兩年的，稅務機關可以註銷其稅務登記證件。
解除
認定為非正常戶的納稅人前來履行納稅義務或被稅務機關追查到案的，主管稅務機關對其進行違章處理、流失發票繳銷、欠稅清繳後，在綜合征管軟件中進行非正常戶解除處理。
非正常戶的巡查
主管稅務機關在管戶巡查過程中，要將非正常戶作為重點巡查對象，對清理巡查出來的非正常戶，要視具體情況進行處理。對存在偷稅或虛開發票行為的，按照《稅收征收管理法》等規定從嚴處理；對未發現偷稅或虛開發票行為的，則對其未按期申報行為從重處罰。
參考資料：