壹般納稅人企業申請註銷稅務登記時，如果企業銷項稅金大於進項稅金，並且按註銷企業的有關政策規定交納增值稅後，企業還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。這不僅符合增值稅的立法原則，而且也能避免稅收流失，同時也可防止企業利用高存貨增大抵扣稅金偷逃稅款。
企業依法註銷同時取消增值稅壹般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應註意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉出，補繳稅金。
二、小規模納稅人在企業註銷時的存貨處理方法
由於小規模納稅人企業在政策上的特殊性，因此小規模納稅人企業購進貨物無論是否取得增值稅專用發票，其支付的增值稅額均不得進入進項稅額，不得由銷項稅額抵扣，而應計入購貨成本。因此，經核實其存貨屬正常範圍的（即平時稅負正常，存貨帳實相符，無虛假），不應作進項稅轉出或計提銷項稅等征稅處理。小規模納稅人企業註銷時，其存貨不作納稅調整。
三、企業註銷後再銷售存貨的處理方法
壹般納稅人企業和小規模納稅人企業註銷稅務登記後，企業已不能再進行經營活動了，如果企業存貨沒有處理完畢，過壹段時間後還有存貨需要銷售時，應持購貨單位的結算證明和雙方的購銷協議，到稅務機關開立普通發票，並按稅收政策規定按征收率交納稅款。
企業註銷的壹般流程：
1、向國稅主管稅務機關提出註銷申請病明確清算日；
2、填寫註銷申請表，並交回稅務登記證、發票準購證，未開具完畢的發票、金稅卡及附屬設備；
3、對註銷當月的增值稅進行申報、
4、如果企業所得稅的主管稅務機關是國稅局的話，需要對當年度1月1日至清算日的企業所得稅進行匯算清繳並申報；
5、對清算日至清算終止日之間發生的清算所得進行企業清算所得稅的申報；
6、主管稅務機關完成網上審批手續並在網上將該程序轉移至稽查局並由稽查局查賬，最後出具相關結論並在企業申請註銷表上蓋章。完成上述程序後即可去主管地稅機關辦理註銷手續。