第二十八條 壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》（附件5），經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；
如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
壹般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查；如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。
壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
按照上述規定“如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。”進行處理，不會受到處罰。
通俗的講，東莞市銷售方首先要到東莞市國家稅務局的主管區局申請出具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，連同專用發票記賬聯復印件交給深圳市購買方，深圳購買方持專用發票記賬聯復印件、《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》到購買方的主管國稅機關納稅服務大廳認證，認證通過並經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。