1、 《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第五
條：個人股權轉讓所得個人所得稅，以股權轉讓方為納稅人，以受讓方為扣繳義務人。
2、 《個人所得稅法》第九條：個人所得稅以所得人為
納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
3、《稅收征收管理法》第四條規定：“法律行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。法律、行政法規規定的負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。”
在司法實踐中，決大多數的法院均認可扣繳義務人有代扣代繳股權轉讓所得稅的法定義務，只有在最高人民法院（2015）民申字第1143號判決中，極端個案認為股權受讓方無權代扣代繳轉讓方的個人所得稅。該案的裁判要旨：雙方在合同中並未約定泓源公司在支付股權轉讓價款時應扣除代扣代繳稅款，扣除代扣代繳稅款並非泓源公司支付股權轉讓價款的前提條件。其次，從代扣代繳稅款的義務主體來看，《稅務事項通知書》載明的代扣代繳稅款義務人是綏中宏泰房地產開發有限公司而非泓源公司，泓源公司無權提出扣除代扣代繳稅款的主張。
二、扣繳義務人代繳個人所得稅系法定義務。
1、扣繳義務人無權放棄扣繳義務，且應納稅款屬於股權轉讓款的壹部分。
裁判要旨：本案中，股權轉讓協議約定了應繳納稅費由甲方王能新承擔，由於法定代扣代繳義務的存在，王能新無權要求徐春勤、南部礦業公司放棄代扣代繳的義務，將此款直接付給王能新。壹審法院依據循化縣地方稅務局積石稅務分局（2012）01號文件，認定徐春勤、南部礦業公司代扣代繳了2011年度（王能新股權轉讓）期間應納稅款8663990.20元並計入已付的股權轉讓款中，符合法律規定。
案件來源：青海省高級人民法院，案號：（2012）青民二終字第62號。
2、扣繳義務人未經抵扣即向納稅義務人支付相應收入後，又自行代繳個人所得稅的，並不當然喪失向納稅義務人追償的權利。
裁判要旨：根據《中華人民***和國個人所得稅法》第二條、第八條和《中華人民***和國個人所得稅法實施條例》第八條的規定，個人轉讓股權所得屬於財產轉讓所得，應當繳納個人所得稅，該稅款的納稅義務人為股權轉讓所得人，扣繳義務人為支付所得的單位或者個人。根據《中華人民***和國稅收征收管理法》第三十條第二款的規定，扣繳義務人依法履行代扣、代收稅款義務時，納稅人不得拒絕。納稅人拒絕的，扣繳義務人應當及時報告稅務機關處理。本院認為，根據上述法律和行政法規的規定，恒大公司並非案涉股權轉讓個人所得稅的納稅義務人，而應為扣繳義務人，對稅收征管機關負有代扣代繳案涉個人所得稅的法定義務，不能依據上述規定認為，在扣繳義務人未經抵扣即向納稅義務人支付相應收入後，即當然喪失向納稅義務人追償的權利。換言之，無論扣繳義務人是否按照法律規定的代扣代繳程序，在支付納稅義務人收入之前即予以扣繳個人所得稅，抑或在向納稅義務人支付了全部收入後又代為向稅務機關墊付個人所得稅，都不能產生改變該稅負法定納稅義務人的法律後果。劉紅波所持恒大公司向其支付全部股權轉讓款的行為，即表明放棄了扣稅權利進而喪失了向劉紅波追償權利的主張，缺乏法律依據，本院不予支持。
案件來源：最高人民法院 ，案號：（2014）民壹終字第43號。
3、納稅義務人僅訴稱對扣繳義務人代繳個稅不知情或不同意的，不能免除其向扣繳義務人返還代繳個稅的義務。
裁判要旨：依法納稅是每個公民的義務。本案中，劉鴻財依法應繳納股權轉讓的個人所得稅14624456.53元。蘭光標根據贛州市地方稅務局直屬局發出的《稅務事項通知書》要求，代其繳納稅款，屬協助履行代扣代繳稅款的行為，該行為符合相關法律的規定，該代繳稅款應由納稅義務人劉鴻財承擔。劉鴻財以對代繳的稅款不知情，且認為如果是其自己去繳，繳納二、三百萬元就可以了，因而對該代繳的總金額不予認可，對該代繳稅款不同意在其應受償債權中全部抵扣，但並未提供稅務部門對其應納稅款減免的證據，故其抗辯理由不能成立。根據執行案款的清償順序，稅款的支付優先於擔保債權和其他普通債權的規定，蘭光標主張該代繳稅款應在本案其應償還劉鴻財的債款中抵扣，符合法律規定，予以支持。
案件來源：江西省高級人民法院，案號：（2017）贛執復60號。
扣繳義務人的代繳個稅行為的依據是法律規定而非當事人之間的約定，當事人之間可以就是股權轉讓人還是股權受讓人實際承擔因股權轉讓產生的稅費分配問題進行約定（該約定無法對抗稅務機關），但是無權改變股權轉讓人為納稅義務人、股權受讓人為扣繳義務人的法律規定。