公司的固定資產報廢損失應以清單申報的方式向稅務機關申報扣除。
壹、《企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法》（國家稅務總局公告2011年第25號）
第九條規定，企業固定資產達到或超過使用年限而正常報廢清理的損失，應以清單申報的方式向稅務機關申報扣除。
第三十條規定，固定資產報廢、毀損損失，為其賬面凈值扣除殘值和責任人賠償後的余額，應依據以下證據材料確認：
1、固定資產的計稅基礎相關資料。
2、企業內部有關責任認定和核銷資料。
3、企業內部有關部門出具的鑒定材料。
4、涉及責任賠償的，應當有賠償情況的說明。
5、損失金額較大的或自然災害等不可抗力原因造成固定資產毀損、報廢的，應有專業技術鑒定意見或法定資質中介機構出具的專項報告等。
二、國家稅務總局《關於增值稅若幹問題規定的通知》(國稅發〔1993〕23號)規定：其他業務收入，包括企業除產品銷售以外的應納增值稅其他銷售收入或其他業務收入。如材料銷售收入；廢品、下腳料銷售收入；工業性作業收入等等。
銷售固定資產殘值收入屬於其他業務收入，應按銷售自己使用過的除固定資產以外的物品，壹般納稅人依適用稅率(17%、13%)納稅，小規模納稅人依3%稅率納稅。
擴展資料：
固定資產報廢有兩種情況：
壹是由於磨損或陳舊，使用期滿不能繼續使用；
二是由於技術進步，必須由先進設備替代。
固定資產報廢，壹方面由於固定資產退出企業引起企業固定資產的減少，另壹方面在清理過程中還會發生壹些清理費用，同時還可能取得壹定的變價收入。因此，固定資產報廢的核算應按以下程序進行：
(1)註銷報廢固定資產的原值和已提折舊額。按固定資產的凈值，借記“固定資產清理”賬戶；按已提折舊額，借記“累計折舊”賬戶；按固定資產原值，貸記“固定資產”賬戶。
(2)結轉殘料價值和變價收入。按收回的殘料價值和變價收入，借記“銀行存款”、“原材料”等賬戶，貸記“固定資產清理”賬戶。
(3)支付清理費用。按發生的清理費用，借記“固定資產清理”賬戶，貸記“銀行存款”等賬戶。
(4)結轉清理後的凈損益。固定資產清理後的凈收益，借記“固定資產清理”賬戶，貸記“營業外收入──處理固定資產收益”賬戶；固定資產清理後的凈損失，借記“營業外支出──處理固定資產損失”賬戶，貸記“固定資產清理”賬戶。
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