第壹，新辦企業物流企業享受稅收優惠需要符合壹定條件。 作為納稅人，首先應當註意把握新辦企業的條件。根據《財政部、國家稅務總局關於享受企業所得稅優惠政策的新辦企業認定標準的通知》（財稅[2006]1號）規定，只有同時符合以下兩個條件的企業才能被認定為新辦企業，享受企業所得稅定期減稅或免稅：壹是按照國家法律、法規以及有關規定在工商行政主管部門辦理設立登記、新註冊成立的企業。二是新辦企業的權益性出資人（股東或其他權益投資方）實際出資中固定資產、無形資產等非貨幣性資產的累計出資額占新辦企業註冊資金的比例壹般不得超過25%. 其次，應註意本企業的行業特點。根據《稅收減免管理辦法（試行）》（國稅發[2005]129號）規定，對於位於西部地區包括重慶市、四川省、貴州省、雲南省、陜西省、甘肅省、青海省、西藏自治區、寧夏回族自治區、新疆維吾爾自治區、新疆生產建設兵團、內蒙古自治區、廣西壯族自治區、湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延邊朝鮮族自治州的新辦交通運輸企業可以享受“兩免三減半”的稅收優惠，但是必須具備以下條件：壹是主營業務收入占企業總收入70%以上；二是交通企業是指投資新辦從事公路、鐵路、航空、港口、碼頭運營和管道運輸的企業；三是申報享受減免稅應當註意申報程序。 第三，新辦物流企業的所得稅減免有了操作性措施。《國家稅務總局關於貨物運輸業新辦企業所得稅退稅問題的通知》（國稅函[2006]249號）規定：由國家稅務局負責征收管理企業所得稅，但由地方稅務局負責代開貨物運輸發票並統壹代征稅款的貨物運輸業代開票納稅人，其按照法律法規規定應退的企業所得稅，退稅事項由主管國家稅務局辦理，可直接抵繳該納稅人次年應納企業所得稅，也可在匯算清繳後辦理退稅，退稅額不超過納稅年度主管國家稅務局對其已征的企業所得稅稅額；超出部分，由代開貨物運輸發票的地方稅務局辦理退稅事項。上述納稅人的退稅事項在每年匯算清繳時予以結算辦理。在具體操作過程應當提醒納稅人註意的是，國稅函[2006]249號文件明確，根據《國家稅務總局關於印發〈核定征收企業所得稅暫行辦法〉的通知》（國稅發[2000]38號）有關規定，對實行核定征收企業所得稅的納稅人，因代開貨物運輸發票而繳納的稅款，主管稅務機關不予退稅。 第四，符合壹定條件的企業可以實行統壹匯總繳納企業所得稅。為了促進現代物流業的發展，增強物流企業競爭力，《國家稅務總局關於物流企業繳納企業所得稅問題的通知》（國稅函[2006]270號）就物流企業繳納企業所得稅有關問題給予了明確，物流企業在同壹省、自治區、直轄市範圍內設立的跨區域機構（包括場所、網點），凡在總部統壹領導下統壹經營、統壹核算，不設銀行結算賬戶、不編制財務報表和賬簿，並與總部微機聯網、實行統壹規範管理的企業，其企業所得稅由總部統壹繳納，跨區域機構不就地繳納企業所得稅。凡不符合上述條件之壹的跨區域機構，不得納入統壹納稅範圍，應就地繳納企業所得稅。 這裏所說的物流企業，是指具備或租用必要的運輸工具和倉儲設施，至少具有從事運輸（或運輸代理）和倉儲兩種以上經營範圍，能夠提供運輸、代理、倉儲、裝卸、加工、整理、配送等壹體化服務，並具有與自身業務相適應的信息管理系統，經工商行政管理部門登記註冊，實行獨立核算、自負盈虧、獨立承擔民事責任的經濟組織。 物流企業統壹繳納企業所得稅的具體操作方法是由總部（總機構）向所在地省級主管稅務機關提出申請，經省級主管稅務機關審核確認後，通知相關主管稅務機關執行。統壹繳納企業所得稅的申請應在申請統壹納稅年度的3月31日以前，向總部所在地省級主管稅務局提出統壹納稅的申請報告，並附送總部和跨區域機構的營業執照、稅務登記證（復印件）、企業章程、企業財務核算制度、總部與其跨區域機構的資產關系證明、總部上年度會計報表和納稅申報表、跨區域機構名單及所在地等資料。
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