1、商品的所有權不同：自營進出口商品的所有權屬於外貿進出口企業，代理進出口商品的所有僅屬於委托辦理進出口的單位。
2、財務結算方式不同：如果是自營進出口，外貿企業與國內工商企業是商品購銷關系，盈虧都由外貿企業負擔；如果是代理進出口，外貿企業與國內委托單位是委托代理關系，進出口商品的盈虧都由委托單位負擔，外貿企業只收取壹定比例的代理進出口手續費。
3、自營進出口和代理進出口的征稅費用不同：對自營進出口業務收入都沒有征收營業稅，只對出口轉內銷所取得的銷售收入按規定征收營業稅。對外貿企業承辦代理進出口業務取得的代理手續費收入，應按照“代理服務”依10％的稅率征收營業稅。對代理進出口的解釋，既包括外貿企業代理其他企事業單位，也包括外貿企業之間的相互代理。這也就是說，對外貿企業之間的代理所取得的代理手續費收入，也隨按規定依10％的稅率征收營業稅。
擴展資料：
自營出口辦理必備資料：
申報生產企業（企業集團）自營進出口權，需提供下列材料壹式十份，分送市經委六份，市外經貿委四份：
1、企業申請報告（內容包括：企業基本情況，產品出口情況，國際市場，自營條件，效益分析及發展目標）；
2、企業主管部門審核意見；
3、企業集團成立批文及集團成員企業產品出口情況（適用企業集團申報）；
4、企業法人營業執照復印件（需原註冊登記機關簽章）；
5、申請企業概況表；
6、企業出口產品分類表；
7、企業進出口商品目錄；
8、企業前壹年負債表和損益表；
9、企業前二年出口供貸實績。
申報商業、物資企業進出口經營權，除申報以上材料外，還需增報：
1、企業經營進出口業務的可行性報告；
2、企業前二年經營情況和進出口實績證明；
3、資信證明。
參考資料：
百度百科-代理出口
百度百科-自營出口