以下是關於涉農企業存在的涉稅問題分析。
壹、稅收優惠政策有待明確目前近年來國家加大了對農業的扶持，農業專業合作社、農業公司和家庭農場等涉農企業得到了蓬勃發展，帶動越來越多的農民從“小生產”走向“大市場”。
以下是關於涉農企業存在的涉稅問題分析。
壹、稅收優惠政策有待明確
目前尚未出臺專門針對家庭農場的稅收優惠政策，有些稅收優惠政策是否適用於家庭農場有待進壹步明確。
如目前對農民專業合作社的經營用房免征房產稅，對農民專業合作社所屬，用於進行農產品加工的生產經營用房，按規定繳納房產稅確有困難的，可給予免征房產稅的照顧。
但對家庭農場的房產稅征收問題政策還不清晰，是全部征收還是參照農民專業合作社區分房產性質用途部分免征，尚需進壹步明確。
二、日常稅收管理有待規範
現行稅收法律法規政策沒有關於家庭農場的定義。
“家庭農場”既不是行業門類，也不是登記註冊類型，從事農、林、牧、漁行業的有某農場、某農莊、某園、某圃等，影響到如何發展和扶持家庭農場、如何將家庭農場引入登記管理等壹系列問題。
由於農作物有季節性，規模、品種不壹樣，農作物的價格不壹樣，產生的經濟效益也不壹樣，定額很難確定。
但如不采用定期定額方式，又會增加納稅人的負擔。
同時，由於家庭農場基本由經營者個人自行建立流水賬形式進行核算，沒有聘請專業財務人員也未設置規範的賬簿憑證，勞務報酬支出也難以取得有效的“合法憑證”。
也基本上無法采用基於互聯網絡的“自行申報”的稅收征管辦法。
三、目前涉農企業的稅收征管還是處於粗放式管理。
表現在：
1.部分涉農企業在取得營業執照後未進行稅務登記而對其催辦時，法人代表和業主認為只是種種田，養養家禽、家畜還要稅務登記思想上想不通。
2.涉農企業稅務登記後，稅管員壹般將其納入“特殊狀態戶”管理，從此對其不管不問。
3.涉農企業法人代表和業主認為從事農業行業所有都是免稅項目，按他們說法農業企業是“全棉的確良”，說明我們稅務部門對涉農企業稅收宣傳及輔導的嚴重疏漏。
對於上述問題，地稅部門應做好以下工作：
1、必須加強涉農企業的稅務宣傳與輔導。
特別是要對法人代表和業主宣傳不是涉農企業的任何業務和行為都是免稅項目，如建築行為等。
2、必須了解涉農企業產品生產程序的自產自銷、粗加工、精加工分類及有關應稅項目。
如以專業合作社名義出售生鴨蛋和出售經加工後的鹹蛋和皮蛋。
3、必須掌握涉農企業種植、養殖產品分類的應稅免稅項目，如企業所得稅免稅項目中有明確的規定。
4、必須掌握並登記涉農企業辦公區和種殖、養殖區的相關面積及有關建築價值，以便在征收房土二稅時有明確的計稅依據。
5、要求涉農企業報關財務報表，掌握實收資本、資本公積、利潤分配等會計科目的變化，以便征收印花稅和及時掌握其分紅情況。