2、內部會計制度名存實亡。當前，小企業為了應付稅務部門的稅務登記及購置發票的需要，都制定企業內部會計管理制度，但實際工作中卻並未認真執行過。部分小企業管理者也認識到這些問題，尤其是內控制度的不執行給企業帶來了很多負面影響，這種狀況既損害了企業自身的利益，也往往導致外部監督困難重重。
3、重核算、輕監督、輕管理。目前，壹些小企業只重視會計核算、記賬、算賬和報賬，而忽視會計監督和會計管理工作。從會計數據的來源上看，對原始憑證的控制不夠嚴格，不合要求的發票、收據、甚至白條憑領導簽字均報銷入賬；從提供的信息上看，提供的產量、產值、成本、銷售額、利潤方面的數據較多，而對資金的如何有效利用、成本費用如何下降、盈利能力如何提高等等在企業管理深層次問題研究得較少。重核算、輕監督、輕管理的現象普遍存在。由於會計部門與其他職能部門聯系較少，不能有效地發揮其整體功能，改善企業經營管理，提高企業經濟效益。
4、會計核算不規範、帳戶設置不完整。小企業帳戶設置不完整現象普遍存在。有些企業只設置總帳，未設置明細帳，有些企業由於出納為老板或老板娘兼職，故根本不設置現金日記帳、銀行存款日記賬，即使設賬，日記帳也由會計人員代記。成本核算不規範，人為調節利潤，折舊的計提、費用的攤銷及預提、存貨的成本核算隨意性較大。有的小企業會計人員根據企業老板的要求，采用倒紮帳的方法，進行成本核算產生“老板”利潤。另外，往來款長期掛帳，固定資產、存貨帳實不符也時有發生。