（壹）稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；指導、協調系統稅務稽查工作。
（二）各區域稽查局
根據“壹級稽查”的架構，按廣州市城區東、南、西、北、中區域分別設置廣州市國家稅務局東區、南區、西區、北區、中區稽查局，分別負責對本區域內的納稅人進行稅務稽查和金稅工程發票協查等工作，業務上接受廣州市國家稅務局稽查局指導。
廣州市國家稅務局東區稽查局
廣州市國家稅務局南區稽查局
廣州市國家稅務局西區稽查局
廣州市國家稅務局北區稽查局
廣州市國家稅務局中區稽查局
（三）車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的日常管理、日常檢查、納稅服務等工作；組織實施車輛購置稅的稅源管理、納稅評估等辦法；組織實施車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
（四）直屬稅務分局
負責所轄全市金融保險企業的征收管理和納稅服務；組織實施全市重點稅源企業的反避稅和稅務審計工作。
（五）海洋石油稅務分局（與直屬稅務分局合署辦公）
負責南海東部海域海洋石油稅收的征收管理工作。