為深入了解“營改增”後本地物流運輸行業存在的種種問題，調查人員專程走訪了幾家貨運企業，與企業經營者、行業從業者面對面進行了交流座談。
壹、“營改增”後，貨運企業稅負大幅增加。之前對服務業企業進行全額的營業稅征稅，稅負過重，還有重復征稅的情況。國家通過稅制改革，推行“營改增”，其出發點主要是為了推動服務業企業的發展，加大對第三產業的扶持力度，也為現代服務業發展提供空間。但是從實際情況看，大多數行業原來的營業稅也就是3%或者5%，可是改增值稅以後，稅負比原來高出很多。通過走訪調查人員了解到，交通運輸行業由原來征3%的營業稅增加到11%的增值稅，倉儲等物流輔助服務由原來5%的營業稅增加到6%的增值稅，企業稅負不降反升，經營者苦不堪言。可以說，國家減稅降負的初衷在物流運輸行業上並沒有得到實現。
二、行業稅率不統壹。當前行業稅率不統壹的問題嚴重阻礙了現代物流業的壹體化運作模式。“壹單合同很難分清楚運與儲的比例，稅率不統壹的情況下，計稅非常麻煩。”壹家物流公司負責人王先生跟調查人員舉例，壹個實體企業有壹些貨物需要物流公司運輸，並交給物流公司保管5天，雙方商議價格壹***100元，這100元裏多少是運，多少是儲，按11%還是6%納稅，很難說清楚。許多物流企業的運輸、倉儲、增值業務都是壹起的，每次稅務局都會問怎麽切割，實際上企業很難再將具體的業務進行切割，大部分企業都是根據經驗和與稅務部門關系來切割業務納稅的，不夠嚴謹。
三、人力成本和路橋費存在抵扣難題。除了稅率增長、稅率不統壹的問題外，人力成本和路橋費的抵扣難題也是導致物流企業稅負增加的原因之壹。據了解，增值稅是對商品增值部分收稅，增值稅抵扣即“應繳的稅費=銷項稅-進項稅”，以生產商品過程中的采購項為例，原材料的采購、固定資產的采購等，均可取得增值稅專用發票予以抵扣，這個抵扣稱為進項稅額。目前公路貨運企業經營成本主要包括人力成本、路橋費、油料費用等，其中只有占運輸成本20%左右的油料成本可以抵扣，路橋費無法抵扣，人力成本則由於大部分運輸是個體司機完成，而這些個體司機又無法開具發票而面臨著壹系列問題。
四、用油卡抵貨款已成行業慣例。調查人員在走訪過程中了解到，現階段在物流運輸行業中使用油卡抵貨款已然成為行業慣例，滋生了稅收管理的灰色地帶。跑個體運輸的司機，普遍無法提供可供抵扣的增值稅發票，所以在實際交易過程中，無論是司機還是貨運企業，都只能通過壹些非正規渠道尋找發票來作抵扣，業界常用的做法是將司機的壹部分貨運款直接存入油卡發給司機。這樣貨運企業可以獲得油費發票作為部分進項抵扣，但是這種做法難免存在壹些灰色地帶，並不能實現稅收完全的合法化，對個人和企業來說，都是存在法律風險的。