壹、進項憑證的檢查
（壹）進項憑證的檢查範圍
進項憑證是指納稅人取得的，並於當期向稅務機關申報，已作稅款抵扣的下列憑證：
1．從銷售方取得的專用發票抵扣聯（包括匯總填開專用發票所附的“銷售清單”）；
2．由海關開具的增值稅完稅憑證；
3．運費普通發票；
4．農產品及廢舊物品收購憑證；
5．國家稅務總局規定的其他憑證。
（二）進項憑證檢查要點
1．檢查進項憑證的真偽；
2．檢查進項憑證內容是否屬實；
3．進項憑證是否符合增值稅準予抵扣稅款的範圍；
4．專用發票票面內容填寫是否正確，適用稅率（稅務所代開所列的征收率）是否符合政策規定，稅額計算是否正確；
5．項目是否填列齊全，其中納稅人稅務登記號是否為全國統壹的15位碼；
6．對準予計算扣稅的進項憑證，其進項稅額的計算是否正確。
二、銷項憑證的檢查
（壹）銷項憑證檢查的範圍
1．納稅人已使用的專用發票，即存根聯和記帳聯（包括開具的紅字專用發票）；
2．稅務所代小規模納稅人開具的專用發票存根聯和記帳聯；
3．納稅人銷售貨物和勞務開具的普通發票；
4．國家稅務總局確定的其他銷項憑證。
（二）銷項憑證檢查要點
1．納稅人已開具專用發票的銷售業務是否真實，有無屬虛開代開行為；
2．納稅人銷售貨物或應稅勞務，其計稅銷售額是否包括了全部價款和價外費用；
3．票面所列稅率或征收率是否符合政策規定，稅額計算是否正確無誤；
4．納稅人已開具專用發票的銷售業務、開具普通發票的銷售業務和為開具發票的銷售收入是否全部作了銷售處理，並如實按期向稅務機關進行了申報；
5．票面所列“貨物或勞務名稱”與實際是否相符；
6．開具的紅字專用發票是否附有購貨方稅務機關開具的“進貨退出及索取拆讓證明單”；
7、納稅人銷售免稅貨物，是否有違反規定開具專用發票的現象；第四條 檢查方法
壹、進項憑證檢查方法
（壹）進項憑證與相關付款憑證或帳簿對照核實。
（二）進項憑證與相關的進貨核實。
（三）發現異常的進項憑證或涉嫌與對方銷項憑證不符的，可采取傳真機傳遞方式，委托銷貨方所在地稅務機關配合查實。
委托異地稅務機關協查時應按照以下規定辦理：
1．必須使用國家稅務總局統壹制定的《增值稅專用發票核查單》。
2．傳遞的資料內容必須齊全、字跡要清晰、工整。
3．必須經過主管稅務機關領導批準方可發出。
4．委托異地協查，只能在同級稅務機關之間相互進行。各地的傳真機號碼及通訊地址國家稅務總局將統壹編制下發。
受托的異地稅務機關接到《增值稅專用發票核查單》後要認真配合，組織力量深入查證生產經營、資金、貨物的運轉情況，根據核查結果填寫《增值稅專用發票核查單》的回執聯經主管領導簽字並加蓋公章後，寄回委托方稅務機關。受托方稅務機關敷衍塞責，提供虛假情況的，壹經查出，依法追究責任。
二、銷項憑證的檢查方法
（壹）對納稅人購、用、存專用發票的情況進行核實，查閱購票證，清點結存票，與申報情況對照，查實專用發票的已用份數。
（二）將查實已用的專用發票所列款項與相關銷售帳簿進行對照核實。
（三）將查實已用的專用發票所列稅額與“應交稅金”有關銷項稅金明細帳戶對照核實。
（四）稅務所代小規模企業開具的專用發票其存根聯與記帳聯應與有關增值稅完稅憑證對照核實，並由上壹級主管稅務機關組織檢查。第五條 專用發票的檢查工作應按月進行，除國家稅務總局另有要求外，每月檢查戶數不得低於增值稅壹般納稅人總戶數的百分之五。有條件的地區盡力擴大稽核的覆蓋面，以提高納稅人依法納稅的自覺程度。