稅收科學研究所的機構設置是：
(壹)辦公室：協助所長處理所內日常工作，負責制定本所工作計劃和制度，起草工作總結；負責文件的運轉；負責人事、財務及後勤事務的管理；參與全國稅收科研工作會議等會議的組織工作；參與課題研究。
(二)科研組織處：負責制定本所年度稅收科研動態和科研成果。負責稅收理論研討會和培訓班的組織工作及專家委員會和特約研究員的聯系工作。具體組織對科研成果的評審、鑒定、獎勵工作。參與課題研究。
(三)理論政策研究室：負責制定稅收理論研究計劃，負責稅收基礎理論研究和稅史研究。每年對稅收理論研究和稅收形勢、特點進行述評。參加稅收骨幹培訓教材的組織、編寫與授課。負責與有關理論研究機構的聯系。
(四)國外稅收研究室：負責制定國外稅收研究計劃，進行國外稅收的理論研究，比較分析各國稅制特點及發展情況，撰寫研究報告。翻譯國外有關稅收論著，及時介紹、吸收國外最新研究成果。負責與國際稅收研究會、海外有關稅收機構各稅務專家的聯系，建立經常性的合作關系。負責與本所有關的外事工作。
(五)圖書資料室：負責收集、整理、翻譯、編譯國內外有關稅收資料，提供國內外最新動態信息。負責與有關科研院所、資料中心、信息中心進行聯系和資料交換。編輯期刊（月）《稅收研究資料》、《稅收與經濟文摘》。負責中外文稅收專業書籍、期刊、報紙的定購和管理。負責稅收史料的征集、管理和查閱、參與課題研究。