1994年7月1日，國稅地稅正式分開。
但分稅制實行了24年，存在的壹些問題也逐漸暴露。壹方面，國地稅分設會使納稅人的納稅成本增加，稅務機關的征稅成本增加，不利於稅務人員全面掌握稅收業務；另壹方面，機構分設所導致的機構爭議也成為問題。
合並後，好處主要有:
1. 可以提高征管效率，避免國、地稅之間的推諉扯皮，同時促進稅收征管的全國統壹性，平衡地區差異性。
2. 能方便納稅人申報及應對稅務機關檢查，減少了企業的稅收合規成本。
3. 征稅系統可以對人員進行更好的配置，強化最需要加強的部門，提高稅收征收的整體效率；
4. 稅務局可以壹次對所有稅種統壹檢查，有效避免以往對非本單位的稅收風險覺得事不關己高高掛起的弊端。
5. 地方財政數據造假的可能性下降。以前，地方稅務局僅僅在業務上歸屬國家稅務總局指導，但人事等由同級政府決定，所以地方政府為了政績的需要，對地稅、非稅收入造假就有了可能。合並後，征稅權在壹定程度上上收，可有力避免此類現象。
2018年3月13日，國務院機構改革方案提請十三屆全國人大壹次會議審議，國務院將改革國稅地稅征管體制，將省級和省級以下國稅地稅機構合並，實行以國家稅務總局為主與省（區、市）人民政府雙重領導管理體制。
雙重領導即壹個部門由兩個上級來領導。從機關管理方面講，雙重領導關系是指地方國家機關受同級國家權力機關以及黨委和上級同類型機關同時領導，壹般的地方國家機關都含有雙重領導。表現為在行政關系上歸地方政府領導，在業務上歸上級同類部門的領導。