1.如果專用發票已經交付給買方，買方可以在增值稅發票系統中填寫並上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》或《開具貨物運輸紅字增值稅專用發票信息表》(以下簡稱《信息表》)。信息表對應的藍色專用發票應經稅務機關認證。
認證結果為“認證壹致”且已抵扣增值稅進項稅額的，買方在填寫信息表時未填寫相應的藍字專用發票信息，應根據信息表所列增值稅稅額暫轉出當期進項稅額。未抵扣的增值稅進項稅額可以計入當期進項稅額。取得賣方開具的紅字專用發票後，與信息表壹起作為記賬憑證。
認證結果為“無法認證”、“納稅人識別號未認證”、“專用發票代碼和號碼未認證”，且購買的貨物或服務不在增值稅抵扣範圍內的，買方不計入進項稅額，進項稅額不轉出。填寫信息表時，應填寫相應的藍色專用發票信息。
若專用發票未交付給買方或買方拒收，賣方應在專用發票認證期內，在升級版增值稅發票系統中填寫並上傳信息表。
2.主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息表，系統自動核對後，生成帶有紅字發票信息表號的信息表，並將信息同步到納稅人端系統。
3.賣方應根據稅務機關核實的信息表開具紅色專用發票，並在增值稅發票系統中以負輸出方式開具。紅字專用發票應與信息表壹壹對應。納稅人也可以憑信息表的電子信息或紙質材料到稅務機關系統核對信息表的內容。
擴展數據:
增值稅發票系統升級版中納稅人開具紅字發票的方法；
納稅人可以在增值稅發票系統中填寫並上傳信息表。稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息表，自動審核後開具帶有紅字發票信息表編號的信息表，並通過網絡將信息同步到納稅人的系統。納稅人憑稅務機關核實的信息表開具紅色專用發票，並在增值稅發票系統中以負數輸出開具。
參考資料:
人民網-武漢國家稅務局增值稅發票系統升級版運營解決方案