1、從法律意義而言，它們最主要的壹個區別在於是否具有行政主體的地位。國務院直屬機構有著獨立的行政主體資格。國務院直屬事業單位不是國家行政機關,但中華人民***和國國務院授權其中壹些單位行使壹定的行政職能。
2、職能上的區別，直屬機構是政府直接領導下主辦專門業務的機構，地位僅低於政府內的各部、委。直屬機構具有獨立職權和專門職責，可以在主管事項的範圍內，對外發布命令和指示。
事業單位，是指由政府利用國有資產設立的，從事教育、科技、文化、衛生等活動的社會服務組織。事業單位接受政府領導，是表現形式為組織或機構的法人實體。
3、行政單位使用行政編制、由國家行政經費負擔。事業單位使用事業編制，由國家事業經費負擔。
擴展資料:
2018年3月22日 《國務院關於機構設置的通知》規定。
國務院直屬事業單位：
新華通訊社、中國社會科學院、國務院發展研究中心中國氣象局、中國證券監督管理委員會、中國科學院、中國工程院、中央廣播電視總臺、中國銀行保險監督管理委員會、國家行政學院與中央黨校是壹個機構兩塊牌子，作為黨中央直屬事業單位。
國務院直屬機構：
中華人民***和國海關總署、國家市場監督管理總局、國家體育總局、國家國際發展合作署、國務院參事室、國家稅務總局、國家廣播電視總局、國家統計局、國家醫療保障局、國家機關事務管理局。
國家市場監督管理總局對外保留國家認證認可監督管理委員會、國家標準化管理委員會牌子。國家新聞出版署（國家版權局）在中央宣傳部加掛牌子，由中央宣傳部承擔相關職責。國家宗教事務局在中央統戰部加掛牌子，由中央統戰部承擔相關職責。
參考資料來源壹：百度百科--國務院