為保障正常有序的經濟秩序，維護納稅人合法權益，打擊不法分子的違法行為，加強海關進口增值稅專用繳款書（以下簡稱海關繳款書）的增值稅抵扣管理，國家稅務總局發布《關於部分地區試行海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”管理辦法的通知》（國稅函〔2009〕83號），自2009年4月1日起在河北省、河南省、廣東省和深圳市試行“先比對後抵扣”的管理辦法。為幫助廣大企業理解並運用新政策，廣州市國家稅務局對海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”政策的主要內容、註意事項、業務流程作如下解讀：
政策內容
壹、增值稅壹般納稅人進口貨物取得屬於增值稅扣稅範圍的海關繳款書，自2009年4月1日起，應當在開具之日起90天內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》（包括紙質資料和電子數據，以下簡稱《抵扣清單》）申請稽核比對，逾期未申請稽核比對的不予抵扣進項稅額。
二、每月申報期內，稅務機關向納稅人提供上月《海關進口增值稅專用繳款書稽核結果通知書》（以下簡稱《稽核結果通知書》）。
對稽核結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核結果的當月申報期內申報抵扣，逾期不予抵扣。
對稽核結果為不符、缺聯、重號的海關繳款書，納稅人應以海關繳款書原件為依據，逐壹進行核對，並區別情況按以下要求處理：
（壹）屬於納稅人信息采集錯誤的，納稅人可在主管稅務機關提供稽核結果的當月申請數據修改，再次稽核比對，稅務機關次月申報期內向其提供稽核比對結果，逾期未申請數據修改的不予抵扣進項稅額。
1、納稅人重新采集數據的時間仍在報送期限（海關繳款書開具之日起90天）內的，可通過企業電子報稅管理系統（下稱電子申報軟件）重新采集，並報送主管稅務機關再次稽核比對。
2、納稅人重新采集數據的時間已超過報送期限的，可在主管稅務機關提供稽核結果的當月，向主管稅務機關填報《稽核異常海關進口增值稅專用繳款書核對申請表》申請數據修改，再次稽核比對。
（二）不屬於采集錯誤，納稅人仍要求申報抵扣的，由主管稅務機關組織審核檢查。經核查海關繳款書票面信息與納稅人真實進口貨物業務壹致的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的次月申報期內申報抵扣，逾期不予抵扣。
三、納稅人應在“應交稅金”科目下設“待抵扣進項稅額”明細科目，用於核算納稅人已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額。納稅人取得海關繳款書後，應借記“應交稅金———待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關科目；稽核比對相符以及核查後允許抵扣的，應借記“應交稅金———應交增值稅（進項稅額）”專欄，貸記“應交稅金--待抵扣進項稅額”科目。經核查不得抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅金———待抵扣進項稅額”，紅字貸記相關科目。
四、增值稅納稅申報表及“壹窗式”比對項目的調整規定：
（壹）非輔導期壹般納稅人在2009年4月申報期，仍按《國家稅務總局關於加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發票管理有關問題的通知》（國稅函〔2004〕128號）等有關規定申報抵扣稅款所屬期為2009年3月的海關繳款書，並報送《抵扣清單》。
（二）輔導期商貿企業壹般納稅人2009年4月納稅申報期仍按照《國家稅務總局關於加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的緊急通知》（國稅發明電〔2004〕37號）等有關規定，報送海關繳款書待抵扣清單，並申報抵扣2009年3月稽核比對相符的海關繳款書。
（三）自2009年5月申報期起，納稅人在申報期內可通過主管稅務機關辦稅服務廳或網上辦稅服務廳下載《稽核結果通知書》及清單，並把清單數據導入電子申報軟件進行申報抵扣。其中：已申請稽核但尚未取得稽核相符結果的海關繳款書進項稅額填入《增值稅納稅申報表》（以下簡稱《申報表》）附表二第28欄，稽核比對相符的海關繳款書進項稅額填入《申報表》附表二第5欄。
註意事項
壹、對需申請稽核的海關繳款書數據，納稅人應以海關繳款書原件為依據，通過電子申報軟件準確采集相關的海關繳款書信息，並導出《抵扣清單》報主管稅務機關進行稽核比對。稅務機關接收數據時同時對數據進行校驗並提供接收結果通知書及清單，對符合校驗規則的，予以接收；對不符合校驗規則或重復采集的，不予接收。
二、由於海關繳款書數據采集的準確性將直接影響稽核比對結果和申報抵扣，納稅人應準確、完整錄入海關繳款書的相關信息，對海關繳款書打印模糊無法辨認的，應主動與海關或進口代理商聯系確認。
三、《抵扣清單》可每月多次報送，數據報送和稽核結果查詢的方式主要有上門和網絡傳輸兩種。辦法試行首月（4月），報送海關繳款書數據進行稽核比對的操作，只提供上門報送的方式。
四、納稅人在4月申報期仍使用原電子申報軟件、按原申報方法進行納稅申報，完稅後再進行電子申報軟件升級，升級時間另行通知。
五、稽核系統每日對已接收的海關繳款書數據進行稽核比對，月末產生最終稽核結果。納稅人可在每月月末前對稽核情況進行查詢，如因采集錯誤導致稽核結果異常的可立即重新采集報送。
六、納稅人自5月申報期起，應在制作當月申報表前下載《稽核結果通知書》以及清單，並在《稽核結果通知書》中列明的抵扣期限內把清單數據導入電子申報軟件進行申報抵扣。
七、為避免因操作等原因不能滿足申請稽核時限，發生過期不能抵扣的問題，納稅人應盡可能把3月底前取得，屬於增值稅扣稅範圍的海關繳款書在4月申報期按原辦法申報抵扣，否則應按新管理辦法申請稽核比對。